Theo kết luận, KTNN cho biết, tiến độ thực hiện nhiều gói thầu bị chậm so với tiến độ cam kết trong hợp đồng, dẫn đến phải gia hạn bổ sung thời gian thực hiện từ 0,7 tháng đến 45 tháng.
KTNN cho biết, phương án tài chính của dự án được lập năm 2008, nhưng đến năm 2014, do tổng mức đầu tư và một số chỉ tiêu làm cơ sở lập phương án tài chính thay đổi so với ban đầu nên VIDIFI đã lập phương án tài chính điều chỉnh, Viện Kinh tế - Bộ Xây dựng đã thẩm tra, Bộ Giao thông vận tải (GTVT) thẩm định.
KTNN đánh giá, một số nguồn thu, hỗ trợ thực tế chưa có, do đó chưa đủ cơ sở để đảm bảo khả năng hoàn vốn, phát huy hiệu quả. Phương án tài chính xác định nợ gốc phải trả chưa chính xác theo giá trị thực tế được đối chiếu giữa VDB và VIDIFI. Thực tế nợ gốc tại thời điểm 31/12/2015 là 27.558 tỷ đồng nhưng trên phương án tài chính xác định là 32.123 tỷ đồng.
Cùng với đó, phương án tài chính cũng chưa có ý kiến thẩm định của Bộ GTVT sau khi cập nhật, điều chỉnh một số chỉ tiêu như: Tổng mức đầu tư điều chỉnh từ 45.487 tỷ đồng thành 44.818; chi phí hỗ trợ bồi thường giải phóng mặt bằng tái định cư tăng 370 tỷ đồng…
Sau khi điều chỉnh một số thông số đầu vào của phương án tài chính theo số liệu kiểm toán tại thời điểm 30/9/2016, thời gian hoàn vốn của dự án là 28 năm 8 tháng 27 ngày (giảm 1 năm 3 tháng 3 ngày so với phương án tài chính điều chỉnh của dự án đang trình Bộ GTVT thẩm định).
KTNN đã giảm chi phí vốn đầu tư thực hiện 34 tỷ đồng, giảm chi phí lãi vay trong thời gian xây dựng và tăng chi phí lãi vay trong thời gian vận hành khai thác 187 tỷ đồng theo kết quả kiểm toán, làm giảm thời gian thu phí hoàn vốn 1 tháng 18 ngày. Phía kiểm toán xác định lại nợ gốc phải trả theo số liệu thực tế trên sổ kế toán của VIDIFI tại thời điểm 31/12/2015 làm giảm thời gian thu phí hoàn vốn 1 năm 1 tháng 15 ngày.
Theo cơ quan kiểm toán, trách nhiệm về những yếu kém trên thuộc VIDIFI, các đơn vị thực hiện công tác giải phóng mặt bằng của các địa phương có dự án đi qua. Các nguyên nhân chậm tiến độ các gói thầu đã được VIDIFI, tư vấn giám sát, các nhà thầu xác định làm căn cứ ký kết phụ lục bổ sung gia hạn thời gian thực hiện hợp đồng.
Dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội – Hải Phòng được Thủ tướng Chính phủ cho phép đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT, nhà đầu tư đồng thời là chủ đầu tư của dự án là Tổng công ty Phát triển hạ tầng và đầu tư tài chính Việt Nam (VIDIFI).