Trước đó, tại phiên tòa sơ thẩm xét xử Dương Tự Trọng và đồng phạm do TAND TP Hà Nội mở vừa qua, nhân chứng Dương Chí Dũng khai năm 2010 đã cùng bà L. (Chủ tịch HĐQT một tập đoàn) đưa 1 triệu USD (trên 20 tỷ đồng) cho một cán bộ cao cấp Bộ Công an để “chạy” dự án hoán đổi công năng cảng Sài Gòn.
Thông cáo ngày 10/1 của Cảng Sài Gòn do ông Huỳnh Văn Cường - Phó tổng giám đốc Công ty TNHH một thành viên Cảng Sài Gòn, ký, khẳng định, mối quan hệ phía Cảng Sài Gòn cùng Dương Chí Dũng, nguyên Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam với bà L. chỉ là mối quan hệ cá nhân và không ảnh hưởng đến việc lựa chọn đối tác tham gia dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội. Hiện tập đoàn của bà L. đã rút khỏi dự án này. Lời khai của ông Dương Chí Dũng tại tòa liên quan dự án khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội không ảnh hưởng đến tình hình doanh nghiệp này. Bởi quá trình lập kế hoạch và di dời, kêu gọi đầu tư, Cảng Sài Gòn đều tuân thủ chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và Vinalines.
Theo hồ sơ, tháng 8/2005, thừa chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Cảng Sài Gòn đã tiến hành thực hiện di dời, chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội ở quận 4 (TPHCM). Cùng với quyết định này, Chính phủ cũng cho phép doanh nghiệp di dời được liên doanh với nhà đầu tư khác thành lập pháp nhân mới làm chủ đầu tư để thực hiện chuyển đổi mục đích sử dụng đất tại vị trí cảng cũ. Biết được thông tin này, nhiều nhà đầu tư bất động sản trong và ngoài nước đã đến tìm hiểu, đặt vấn đề với Cảng Sài Gòn về việc hợp tác thực hiện dự án đầu tư chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội, trong đó có tập đoàn của bà L.
Khi đó, do chưa có hướng dẫn về cơ sở và thẩm quyền lựa chọn đối tác tham gia dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội, Cảng Sài Gòn đã báo cáo “mẹ” là Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines) xem xét chỉ đạo. Ngày 30/3/2012, Vinalines chấp thuận chủ trương cho phép Cảng Sài Gòn thành lập công ty cổ phần thực hiện đầu tư dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội và làm đầu mối tìm kiếm đối tác.
Ở thời điểm này ông Dương Chí Dũng - nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Vinalines - đã thôi chức Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng công ty Hàng hải Việt Nam và chuyển công tác sang Cục Hàng hải Việt Nam từ ngày 6/2/2012. Tháng 6/2013, Cảng Sài Gòn đã trình Bộ Giao thông vận tải và Vinalines phê duyệt phương án thành lập pháp nhân thực hiện đầu tư dự án chuyển đổi công năng khu cảng Nhà Rồng - Khánh Hội và đã được phê duyệt.
Song, xét về thời điểm, năm 2010 ông Dũng đang là Chủ tịch HĐQT Vinalines, khi đó tập đoàn của bà L. cũng đang mong muốn có mặt tham gia dự án ở Cảng Sài Gòn. Trước tòa,ông Dũng cũng khai, việc đưa tiền để chạy dự án diễn ra vào năm 2010.