Sau khi chính thức được tuyên vô tội ngày 28/11/2015, ông Nén làm đơn yêu cầu bồi thường án oan (YCBT). Cha ông Nén là cụ Huỳnh Văn Truyện và ông Nguyễn Thận được ông Nén ủy quyền thương lượng giải quyết YCBT, có một số luật sư (LS) trợ giúp pháp lý. Sau buổi thương lượng bồi thường (TLBT) thứ ba giữa bên YCBT với đại diện TAND tỉnh Bình Thuận, cơ quan có trách nhiệm bồi thường (trong bài viết tắt là Tòa) ngày 31/8/2016, bên YCBT đã rút tổng mức tiền đòi bồi thường từ 18 tỷ đồng xuống 14.137.670.000đ, Tòa chấp nhận bồi thường với số tiền là 10,072 tỷ đồng, trong đó số tiền bồi thường trực tiếp cho ông Nén là 4.264.300.000 đồng.
Tại buổi TLBT thứ tư ngày 14/10/2016, Tòa nói phải thương lượng lại từng khoản bồi thường. Trước đó, bên YCBT đòi bồi thường 17 năm 5 tháng 5 ngày ông Nén bị giam oan và 10 ngày ông bị tạm giam không có lệnh (7/5/1998 – 16/5/1998), nhưng Tòa chỉ chấp nhận bồi thường 15 năm 5 tháng 5 ngày, với lý do ông Nén có án 2 năm tù về tội “cố ý hủy hoại tài sản” (ông Nén đang kêu oan về bản án này).
Đến ngày 14/10, Tòa chấp nhận bồi thường 10 ngày ông Nén bị tạm giam, nâng tổng số ngày được bồi thường lên 5.640. Do vậy tổng mức bồi thường tổn thất tinh thần cho ông Nén tăng từ 930.930.000đ lên 932.580.000đ (165.000đ/ngày), mức bồi thường tiền thu nhập thực tế bị mất trong những ngày bị giam cũng tăng từ 1.182.300.000đ lên 1.184.400.000đ (210.000đ/ngày).
Trước đó, ngày 31/8 Tòa đã chấp nhận mức bồi thường tổn hại về sức khỏe của ông Nén là 2.151.070.000đ (gồm tiền dự liệu tiếp tục điều trị bệnh gan và bệnh tâm thần, tiền thu nhập thực tế bị mất từ ngày 29/11/2015 đến khi ông Nén đủ 60 tuổi, thu nhập thực tế của người chăm sóc ông Nén từ 61 tuổi đến 75 tuổi). Nhưng ngày 14/10, Tòa bác mọi khoản này, chỉ chấp nhận số tiền chữa mắt cho ông Nén là 35 triệu đồng.
Theo Tòa, việc dự liệu chữa bệnh cho ông Nén chưa có căn cứ do ông Nén chưa điều trị, bên cạnh đó Luật Trách nhiệm bồi thường nhà nước chưa có quy định về bồi thường cho người chăm sóc. Tổng cộng, Tòa chấp nhận số tiền bồi thường trực tiếp cho ông Nén là 2.151.980.000đ, giảm hơn 2,1 tỷ đồng so với mức Tòa chấp nhận trước đó.
Tòa chấp nhận mức bồi thường chi phí thăm nuôi ông Nén, là 363.920.000đ.
Tại buổi TLBT ngày 31/8, Tòa chấp nhận tổng mức bồi mức bồi thường thiệt hại danh dự của cụ Huỳnh Văn Truyện là 1,5 tỷ đồng, của bà Nguyễn Thị Cẩm (vợ ông Nén) là 1 tỷ đồng, của ba con ông Nén là 400 triệu đồng/người, tổng cộng là 3,7 tỷ đồng. Tòa cũng chấp nhận mức bồi thường chi phí và thiệt hại trong hơn 17 năm đi tìm công lý cho ông Nén cụ Truyện, ông Thận và ông Huỳnh Trung Nghĩa (anh rể ông Nén) là 1,5 tỷ đồng.
Như vậy, các khoản Tòa chấp nhận bồi thường mà không cần chứng từ là 5,2 tỷ đồng. Bên YCBT tiếp tục đòi bồi thường tổn thất tinh thần của ông Nén trong “vụ án vườn điều” (ông Nén bị kết án 5 năm tù), đòi tăng mức bồi thường cho cụ Truyện, ông Thận và ông Nghĩa, đòi bồi thường thiệt hại danh dự của cụ Đặng Thị Hường (mẹ ông Nén, đã mất năm 2014).
Ngày 14/10, Tòa bất ngờ bác bỏ mức bồi thường 3,7 tỷ đồng cho cụ Truyện và vợ con ông Nén, với lý do họ không thuộc trường hợp được bồi thường thiệt hại. Tòa cũng hạ mức bồi thường chi phí và thiệt hại trong khi đi kêu oan của ông Thận, cụ Truyện và ông Nghĩa từ 1,5 tỷ đồng xuống 200 triệu đồng.
Về chi phí thuê luật sư, ban đầu bên YCBT đòi bồi thường 2,4 tỷ đồng. Tòa không chấp nhận, dẫn lời các LS tuyên bố họ bảo vệ quyền lợi cho ông Nén miễn phí. Bên YCBT rút mức đòi bồi thường khoản này xuống 241,5 triệu đồng, Tòa chỉ chấp nhận 172,5 triệu đồng.
Ngày 14/10, Tòa bất ngờ bác bỏ mức bồi thường 3,7 tỷ đồng cho cụ Truyện và vợ con ông Nén, với lý do họ không thuộc trường hợp được bồi thường thiệt hại. Tòa cũng hạ mức bồi thường chi phí và thiệt hại trong khi đi kêu oan của ông Thận, cụ Truyện và ông Nghĩa từ 1,5 tỷ đồng xuống 200 triệu đồng.