Theo Bộ GTVT, trên cơ sở chỉ đạo của Thủ tướng, về hoàn thiện báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án đường sắt tốc độ cao Bắc – Nam, từ năm 2017, Bộ GTVT đã thực hiện rà soát, nghiên cứu.
Trong quá trình xây dựng báo cáo tiền khả thi trên, Bộ GTVT đã tổ chức nhiều hội thảo, hội nghị lấy ý kiến các bộ ngành, địa phương, chuyên gia.
Trên cơ sở đó, cùng với hỗ trợ của tư vấn nước ngoài, Bộ GTVT đã đề xuất tổng mức đầu tư dự án cao tốc Bắc - Nam là 58,7 tỉ USD, và trình Thủ tướng.
Bộ GTVT đưa ra 2 phương án phân kỳ đầu tư về xây dựng dự án, với phương án phân kỳ theo chiều ngang (làm trước đoạn Hà Nội – Vinh và TPHCM – Nha Trang hết 24,7 tỷ USD, sau đó kết nối 2 đoạn trên hết 33,98 tỷ USD), thiết kế 350km/h.
Với phương án 2 là phân kỳ theo chiều dọc (đề xuất của GS Lã Ngọc Khuê), giai đoạn 1 đầu tư cơ sở hạ tầng toàn tuyến cho tàu tốc độ 350km/h, và khai thác bằng tàu chạy dầu, tốc độ 150km/h, hết 41,9 tỷ USD; sau đó mới điện khí hoá đoàn tàu để lên tốc độ 350km/h, với chi phí 17,11 tỷ USD.
Qua phân tích, Bộ GTVT nghiên về chọn phương án phân kỳ đầu tư theo chiều ngang, với tốc độ chạy tàu 350km/h, làm trước đoạn Hà Nội – Vinh và TPHCM – Nha Trang, sau đó kết nối 2 đoạn này vào năm 2050.
Về ý kiến nghiên cứu của Bộ KH&ĐT, với đề xuất chỉ làm đường sắt tốc độ tàu chạy 200km/h, tổng mức đầu tư chỉ vào khoảng 26 tỷ USD (rẻ hơn 32 tỷ USD so với đề xuất của Bộ GTVT), Bộ GTVT cho rằng: Ý kiến của Bộ KH&ĐT liên quan đến quy mô, tổng mức đầu tư dự án... sẽ tiếp tục được Bộ GTVT có ý kiến, giải trình làm rõ trong quá trình thẩm định của Hội đồng thẩm định Nhà nước.
Đồng thời, Bộ GTVT sẽ có báo cáo, giải trình thẩm tra của các cơ quan có liên quan trước khi trình Quốc hội thông qua chủ trương đầu tư dự án.
Bộ GTVT cũng khẳng định, sẽ tiếp tục triển khai nghiên cứu, tham mưu và thực hiện các bước tiếp theo của Dự án đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam một cách cẩn trọng, khách quan và tuân thủ đúng quy trình, quy định.