Theo đó, thứ nhất, ý kiến của Hội đồng Xác minh luận án tiến sĩ (LATS) do Hội đồng chức danh giáo sư ngành kinh tế (CDGSNKT) thành lập là tài liệu Tổ xác minh của Bộ GD&ĐT thu thập trong quá trình giải quyết tố cáo. Công văn của Bộ đề nghị Hội đồng CDGSNKT với mục đích giao HĐ chủ trì xác minh việc có sao chép luận án hay không và nếu có sao chép thì khi bỏ phần sao chép ra, luận án còn giá trị, còn đạt yêu cầu hay không… Còn việc mời nhà khoa học nào tham gia Hội đồng xác minh là do Chủ tịch HĐ quyết định cho phù hợp với chuyên ngành của Luận án cần xác minh nhằm đảm bảo tính chính xác của kết quả xác minh nội dung LA.
Đây là vấn đề hệ trọng, phải do những người thuộc chuyên ngành hẹp, đúng lĩnh vực chuyên môn sâu đánh giá để đảm bảo chính xác. Hội đồng này không có nhiệm vụ chấm lại LATS của ông Quế. Kết luận của Hội đồng cũng chỉ có giá trị tham khảo trong quá trình giải quyết tố cáo.
Tổ xác minh của Bộ đã thực hiện xác minh trực tiếp các tài liệu chứng cứ đã thu thập được theo quy trình giải quyết tố cáo để báo cáo kết quả xác minh, làm cơ sở ban hành kết luận nội dung tố cáo (Kết luận nội dung tố cáo của Bộ GD&ĐT không căn cứ trực tiếp vào báo cáo kết quả xác minh của Hội đồng CDGSNKT).
Thứ hai, về ba cuốn luận án được Bộ GD&ĐT sử dụng làm căn cứ đối chiếu, so sánh nội dung sao chép là 03 cuốn luận án của ông Hoàng Xuân Quế được lưu giữ chính thức theo đúng tiến trình đào tạo, cấp bằng tại các địa chỉ: Thư viện Quốc gia, Thư viện Trường ĐH Kinh tế quốc dân (cơ sở đào tạo) và Thư viện Khoa học Tổng hợp TP.HCM.
Các cuốn luận án gốc nêu trên đã được Bộ GD&ĐT thu thập và lưu giữ đầy đủ trong hồ sơ vụ việc, khi thu nhận các quyển luận án để làm căn cứ đối chiếu nội dung sao chép đều có đầy đủ biên bản và xác nhận của các Thư viện.
Thứ ba, về chữ ký tại Lời cam đoan trên các quyển luận án: Tại thời điểm 2003 khi ông Quế bảo vệ luận án, không có quy định nào bắt buộc nghiên cứu sinh phải ký vào Lời cam đoan.
Tại biên bản làm việc với Lãnh đạo Thư viện Quốc gia vào ngày 30/9/2013, Thư viện quốc gia khẳng định: Quy trình thu nhận luận án tiến sĩ tại Thư viện quốc gia vào thời điểm 2002-2003 không có quy định bắt buộc nghiên cứu sinh phải ký vào lời cam đoan của cuốn luận án khi nộp cho Thư viện. Do đó Thư viện không kiểm soát chữ ký của nghiên cứu sinh vào lời cam đoan của luận án khi tiến hành thu nhận. Điều này khi kiểm tra xác suất đã được chứng minh.
Như vậy, việc không có chữ ký của nghiên cứu sinh vào phần Lời cam đoan của luận án không làm ảnh hưởng đến giá trị pháp lý của cuốn luận án. Ba cuốn luận án nêu trên có tính pháp lý đầy đủ vì đều được tiếp nhận, lưu giữ trên cơ sở pháp luật và do cơ quan, đơn vị có thẩm quyền quản lý.
Mặt khác, các cuốn luận án mà Bộ dùng làm căn cứ đối chiếu, kết luận sao chép nêu trên còn trùng với nội dung cuốn sách “Bàn về các công cụ của chính sách tiền tệ ở Việt Nam hiện nay” do một mình ông Hoàng Xuân Quế đứng tên tác giả, xuất bản năm 2004. Những nội dung bị tố cáo sao chép trong luận án cũng được sử dụng trong cuốn sách này.
Vì vậy, không thể không thừa nhận 3 cuốn luận án đang được lưu giữ chính thức tại các thư viện nêu trên là của ông Hoàng Xuân Quế.
03 cuốn luận án do ông Hoàng Xuân Quế nộp lại và khẳng định là bản chính thức được dùng để bảo vệ tại Hội đồng chấm luận án tiến sỹ cấp nhà nước ngày 26/10/2003. Bộ GD&ĐT đã xem xét nhận thấy một số điểm không đúng quy định: Hai cuốn bìa mềm, một cuốn bìa cứng trong khi quy định bắt buộc phải đóng bìa cứng; 03 cuốn LATS này không bảo đảm tính pháp lý (việc lưu giữ tại nhà các thành viên hội đồng chấm luận án là không bắt buộc theo quy định pháp luật) và phương pháp thu thập không bảo đảm tính khách quan.
Hội đồng chấm luận án đã giải tán sau khi hoàn thành nhiệm vụ và không ai quy định Hội đồng phải lưu giữ luận án. Vì vậy, những cuốn luận án “được xin lại” từ thành viên hội đồng một cách không khách quan, với hình thức không đồng nhất, không đúng quy định (bìa cứng, font chữ…) không phải là căn cứ để giải quyết tố cáo.
“Như vậy, ba vấn đề mà đại diện VKSND TPHN nêu đã có đầy đủ trong hồ sơ vụ án. Bằng văn bản này, chúng tôi khẳng định lại không còn vấn đề nào cần làm rõ như đề nghị của đại diện VKSND Thành phố Hà Nội tại phiên toà; Quyết định số 4674/QĐ-BGDĐT ngày 11/10/2013 là có đủ căn cứ pháp luật và phù hợp với thực tế khách quan” – Bộ GD&ĐT khẳng định.