Cụ thể, Cục Thuế thành phố phải chấn chỉnh tồn tại, thiếu sót trong công tác thanh tra và kiểm tra thuế. Chỉ đạo các chi cục trên địa bàn rà soát các cá nhân có thu nhập cao để thông báo họ đến cơ quan thuế quyết toán thuế hằng năm theo quy định.
Theo ý kiến của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế dựa trên kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước qua đợt kiểm toán diễn ra năm 2014 nêu trên, Cục Thuế TPHCM phải theo dõi, tổ chức việc kê khai thuế VAT đối với khoản thu chênh lệch bán cước cao hơn giá cước của các đơn vị ký hợp đồng đại lý vận tải quốc tế và hưởng hoa hồng đại lý, việc kê khai ưu đãi thuế không đúng quy định của một số DN.
Ngoài ra, Cục Thuế phải trả lời việc Cty TNHH Mỹ Tân, Cty Dịch vụ công ích Q.5 nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất và hạ tầng trên đất nhưng đã kê khai khấu trừ thuế VAT đầu vào của các tài sản này là có phù hợp với quy định tại Thông thư 06 năm 2012 của Bộ Tài chính hay không. Trường hợp Bộ Tài chính đồng thuận với kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước thì phải truy thu số thuế đã được đoàn xác định là hơn 42,2 tỷ đồng.