Chính thức có hiệu lực từ ngày 1-1-2010, AIFTA sẽ làm giảm thuế suất của hàng loạt sản phẩm hiện chiếm khoảng 80% khối lượng thương mại giữa hai bên.
Với Hiệp định này, thuế suất thuế nhập khẩu các sản phẩm hàng hóa như điện tử, hóa chất, máy móc, hàng dệt may sẽ giảm xuống còn 0% trong khoảng thời gian từ 2013 đến 2016. Bên cạnh đó, thuế nhập khẩu đối với 5.000 mặt hàng công nghiệp và nông nghiệp cũng được xóa bỏ, tương đương 60% số lượng các mặt hàng trao đổi giữa hai bên.
Theo cam kết trong Hiệp định, Việt Nam sẽ phải cắt giảm và xóa bỏ thuế quan đối với 7.640 dòng thuế trong tổng số 9.222 dòng thuế của biểu thuế nhập khẩu hiện hành.Trong số 7.640 dòng thuế này, nay đã có khoảng 2.200 dòng thuế có mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt (AIFTA) thấp hơn so với mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) hiện hành, tập trung vào các nhóm mặt hàng như: nhựa, giấy và cáctông, bông, sợi, vải, quần áo, hàng may mặc phụ trợ, các mặt hàng dệt, sản phẩm bằng đá, thạch cao, các sản phẩm bằng sắt hoặc thép, máy và thiết bị cơ khí, máy điện và thiết bị điện, phương tiện vận tải, đồ chơi… Cụ thể, mức thuế nhập khẩu phổ biến đối với sơ sợi là từ 4-5%, vải từ 8-12%, hàng dệt kim là 8-10%, ống và ống dẫn bằng sắt thép trong khoảng 3-4,5%...
Tuy nhiên, hàng hóa nhập khẩu để được áp dụng thuế suất của AIFTA phải đáp ứng đủ các điều kiện như: phải thuộc Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt ban hành kèm theo Thông tư 58/2010/BTC và phải được nhập khẩu vào Việt Nam từ các nước là Malaysia, Singapore, Thái Lan và Ấn Độ.
Thông tư sẽ có hiệu lực thi hành và áp dụng cho các tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu đăng ký với cơ quan hải quan kể từ ngày 1-6-2010.