Nghị định sẽ quy định những cơ chế đặc thù cho V-KIST như vấn đề tiền lương nhà khoa học, cơ chế bổ nhiệm nhân sự, cơ chế thu hút các nhà khoa học nước ngoài về làm việc tại Việt Nam.
Sau khi Nghị định được ban hành, Bộ Khoa học và Công nghệ sẽ trình thêm ba văn bản làm cơ sở để V-KIST hoạt động.
Trước đó, trong dự thảo đề án V-KIST đề xuất nhiều chính sách ưu đãi chưa từng có tiền lệ cho một tổ chức nghiên cứu khoa học ở Việt Nam như trả lương cao, người thân của nhà khoa học được hưởng trợ cấp, viện nghiên cứu có phòng quan hệ công chúng.