Sau khi kiểm tra, Sở Du lịch đã đề xuất, kiến nghị hướng xử lý, giải quyết các trường hợp sai phạm, thế nhưng tới nay một số hoạt động xây dựng, kinh doanh lưu trú vẫn diễn biến phức tạp và có chiều hướng gia tăng, đặc biệt là địa bàn huyện Hoa Lư.
Theo đó, một số cơ sở đã bị Đoàn kiểm tra liên ngành lập biên bản, ra quyết định xử phạt, quyết định đình chỉ thi công nhưng đến nay vẫn tiếp tục thi công. Cụ thể gồm các hộ gia đình: ông Nguyễn Văn Son, ông Đậu Hồng Phương, ông Đinh Công Thái, ông Ngô Văn Đại…, đều ở địa bàn huyện Hoa Lư.
Theo Sở Du lịch Ninh Bình, các vi phạm trên là nghiêm trọng, vi phạm Quyết định 230 ngày 4/2/2016 của Thủ tướng Chính phủ về quy hoạch chung Quần thể danh thắng Tràng An; Quyết định 1261 ngày 16/11/2015 của UBND tỉnh Ninh Bình về việc phê duyệt kế hoạch quản lý Di sản Văn hoá thiên nhiên thế giới và Quần thể danh thắng Tràng An.
Quần thể danh thắng Tràng An được UNESCO công nhận là di sản thế giới kép từ năm 2014 và được Chính phủ xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt quan trọng năm 2016.