Mục đích của Chương trình là phối hợp tổ chức vận động toàn xã hội, nâng cao nhận thức, ý thức trách nhiệm của mỗi cá nhân, từng hộ gia đình, tổ chức, doanh nghiệp và cộng đồng dân cư, tạo chuyển biến căn bản trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm, góp phần bảo đảm sức khỏe, nâng cao chất lượng cuộc sống của nhân dân, nâng cao uy tín quốc gia trong quá trình hội nhập quốc tế.
Bên cạnh đó, kiên quyết phê phán và xử lý theo quy định của pháp luật hành vi sản xuất, kinh doanh thực phẩm không an toàn.
Thông qua thực hiện Chương trình phối hợp này đề xuất, kiến nghị sửa đổi, bổ sung chính sách, quy định pháp luật nhằm nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về đảm bảo an toàn thực phẩm.