Bước đầu, sân bay này sẽ đón mỗi tuần một chuyến bay từ Nga với khoảng 250 khách. Hiện nay, có 3 hãng hàng không trong nước (Vietnam Airlines, VietJet Air và Jetstar Pacific) đang khai thác các tuyến bay nội địa từ Phú Quốc đi Hà Nội, Cần Thơ, TPHCM, trung bình mỗi ngày có 25 chuyến bay đến Phú Quốc.
Năm 2013, sân bay Phú Quốc tiếp nhận khoảng 700.000 lượt khách, tăng 39% so năm 2012, trong đó khách quốc tế chiếm khoảng 37%.