Nút giao được đưa vào sử dụng với thời gian chưa dài (khánh thành năm 2007) nhưng tình trạng ùn tắc xảy ra vài năm nay. Hướng ùn tắc nặng nhất là từ nội thành Hà Nội rẽ về Bắc Ninh, Bắc Giang và Lạng Sơn (QL 1B). Hướng từ cầu Thanh Trì, QL 1B xuống đường 5 để đi Hải Phòng cũng thường xuyên dồn ứ.
Việc 4 đường nhánh nối lên cầu vượt phía trên đều tập trung ở phía Bắc QL5 khiến xe phải quay đầu trên QL5 là nguyên nhân dẫn đến ùn tắc. Nhiều ý kiến cho rằng, sự bất cập này có nguyên nhân từ khâu thiết kế; nhất là khi nút giao cầu Vĩnh Tuy - QL 5 gần đó khánh thành sau (năm 2010) nhưng không gặp tình trạng tương tự.
Đại diện Ban QLDA Thăng Long (Bộ GTVT) đơn vị quản lý dự án cho biết, Bản thiết kế nút giao do Cơ quan Hợp tác Quốc tế Nhật Bản (JICA) thực hiện từ năm 2006 với mô hình bán hoa thị. Việc chỉ xây dựng nửa hoa thị phía Bắc QL 5 vì phía Nam vướng đường sắt (lúc đó đã có kế hoạch di chuyển nhưng đến nay vẫn chưa thực hiện).
Ngoài ra, phương án thiết kế của JICA tính đến việc sớm hoàn thành cao tốc Hà Nội - Hải Phòng, nút giao này sẽ chậm mãn tải hơn. Tuy nhiên, thời gian mãn tải được tính cho dự án này chỉ là năm 2010, sau 3 năm hoàn thiện.
Đầu năm 2013, Bộ GTVT đã quyết định phê duyệt dự án điều chỉnh nút giao này theo hình thức hoa thị hoàn chỉnh (xây thêm 4 đường nhánh lên/xuống đường dẫn cầu Thanh Trì phía Bắc QL 5). Theo kế hoạch, dự án sẽ hoàn thành vào tháng 9/2015 với chi phí hơn 1.700 tỷ đồng.
Ông Vũ Xuân Hòa, Tổng GĐ Ban QLDA Thăng Long cho biết, việc chắp nối các đường nhánh mới lên cầu vượt không gặp khó khăn về kỹ thuật (không phải đập bỏ hay mở rộng mặt cầu, chỉ cần làm đường dẫn rồi tháo lan can cầu là xe có thể lưu thông).
Tuy nhiên, phía dưới phải di dời đường sắt về phía nam của QL 5 thêm 40m. Hiện tại, hạng mục di dời đường sắt chuẩn bị thi công. Công tác xây dựng nút giao dự kiến sẽ được bắt đầu triển khai vào quý IV năm nay.