Bảo tàng Côn Đảo khởi công xây dựng ngày 6/12/2009, với nguồn hỗ trợ của Đảng bộ, chính quyền, nhân dân thành phố Hà Nội cùng với UBND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu. Công trình hoàn thành ngày 10/10/2010 và là một trong những công trình chào mừng kỉ niệm Đại lễ 1.000 năm Thăng Long - Hà Nội.
Bảo tàng tọa lạc trên đường Nguyễn Huệ, gần di tích chuồng cọp Pháp, trong khuôn viên rộng hơn 2 ha, diện tích xây dựng 3.570 m2, diện tích trưng bày 1.700m2.
Bảo tàng Côn Đảo trưng bày gồm một gian khánh tiết và 4 chủ đề: Côn Đảo thiên nhiên con người; Côn Đảo địa ngục trần gian; Côn Đảo trận tuyến, trường học; Côn Đảo ngày nay. Ngoài ra bảo tàng còn có một phòng trưng bày, triễn lãm chuyên đề.
Hiện vật xe goòng được lưu giữ tại bảo tàng Côn Đảo. Khoảng năm 1930, thực dân Pháp thiết kế đường ray sắt rộng độ 60cm xuất phát từ sở Bản Chế (nay là đầu đường Lê Hồng Phong) chia ra làm 2 nhánh. Một nhánh đến sở Đá dưới chân núi Chúa (nay là đường Phan Châu Trinh), một nhánh đến sở Củi (nay là đường Võ Thị Sáu)...
Những hình ảnh chiến sĩ cách mạng bị thực dân, đế quốc và tay sai giam giữ tại chuồng cọp.
Cuốn sách hình học lớp 10 AB (đệ tam) của Nguyễn Văn Long được gia đình gửi ra nhà tù Côn Đảo năm 1967, dùng để học và dạy cho các bạn tù ở trại 2, trại 3 (1971 - 1973) còn được lưu giữ tại bảo tàng.
Hình ảnh những nữ chiến sĩ cộng sản bị giam giữ tại nhà tù Côn Đảo.
Hình ảnh những người tù bị thực dân, đế quốc, tay sai đánh đập, bức hình được tái hiện qua tượng sáp.
Những vật dụng của bọn thực dân, đế quốc, tay sai.
Các hiện vật lịch sử, văn hóa của mảnh đất con người Côn Đảo qua các thời kỳ lịch sử.
Tập san "Sinh hoạt" và "Xây dựng" do lực lượng tù chính trị câu lưu trại 6 (trại Phú An) biên soạn và phát hành tại nhà tù Côn Đảo năm 1973.
Bức ảnh "Mẹ con ngày gặp lại", người trong ảnh là tử tù Lê Văn Thức trong phút xúc động gặp lại mẹ sau khi được về Vũng Tàu ngày 5/5/1975.
Toàn cảnh Côn Đảo thời kỳ thực dân, đế quốc, tay sai chiếm đóng.
Vùng biển Côn Đảo phong phú, đa dạng những sinh vật.