Hệ thống thông tin giám định BHYT gồm 3 hợp phần: Hệ thống tiếp nhận yêu cầu thanh toán BHYT; Hệ thống giám định BHYT và Hệ thống danh mục dùng chung.
Đến nay, nhiều tính năng của Hệ thống đã được triển khai. Với các bộ “lọc” đã được mã hóa, Hệ thống có thể phát hiện các sai sót, sai phạm để tự động từ chối thanh toán những chỉ định cận lâm sàng sai quy trình; kiểm soát giảm trừ tiền ngày giường không hợp lý; cảnh báo các trường hợp sai thông tin về thẻ, mức hưởng, mã tên thuốc, vật tư y tế (VTYT), dịch vụ kỹ thuật (DVKT)…