Ban chỉ đạo có 13 ủy viên của các cơ quan khác như: Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Văn phòng Chính phủ, Bộ KH-ĐT, Bộ Ngoại giao, Thanh tra Chính phủ, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp, Bộ Tài chính, Bộ Quốc phòng…
Ban chỉ đạo có nhiệm vụ phối hợp với các lực lượng nòng cốt trong công tác chống khủng bố nhằm nghiên cứu, đề xuất cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành chính sách pháp luật, chương trình, biện pháp chống tài trợ cho khủng bố trên lãnh thổ Việt Nam...