Năm 2008, UBND tỉnh Hà Tĩnh phê duyệt dự toán kinh phí bồi thường, hỗ trợ GPMB tại Khu Liên hợp Gang thép và Cảng nước sâu Sơn Dương thuộc khu kinh tế Vũng Áng với tổng số tiền hơn 537 tỷ đồng.
Ông Nguyễn Văn Bổng cùng thuộc cấp của mình hợp thức hóa 81ha do xã quản lý cho 678 hộ dân thuộc các xã Kỳ Long, Kỳ Lợi với số tiền lên tới 30 tỷ đồng.
Những đối tượng này đã cho các hộ dân đứng tên trong hồ sơ bồi thường để hưởng số tiền 30 tỷ đồng, trái quy định về bồi thường, hỗ trợ, gây thiệt hại hơn 14 tỷ đồng. Toàn bộ số tiền nêu trên, các đối tượng đã chi tiêu vào mục đích cá nhân.
Liên quan đến vụ việc này, Phòng PC 46 đã khởi tố Phạm Huy Tường - nguyên Trưởng phòng TN&MT huyện Kỳ Anh, Lê Anh Đức - nguyên Cán bộ Hội đồng Bồi thường tái định cư huyện Kỳ Anh, Lê Hữu Diện - nguyên Chủ tịch UBND xã Kỳ Long và Bùi Quang Hà - Nguyên Phó chủ tịch UBND xã Kỳ Long.
Tháng 5/2015, ông Nguyễn Văn Bổng được điều động giữ chức Trưởng ban chuyên trách giải quyết tồn đọng Kỳ Anh.
Hiện ông Nguyễn Văn Bổng được cho tại ngoại để phục vụ quá trình điều tra.