Trung tâm gồm các khu chức năng: khám bệnh, thăm dò chẩn đoán, phẫu trị, xạ trị, hóa trị liệu, y học hạt nhân, khu chăm sóc và giảm nhẹ triệu chứng. Riêng hệ thống trang thiết bị y tế được nâng cấp có tổng trị giá 17 triệu Euro từ nguồn vốn vay ưu đãi ODA của Áo (trong đó 35% viện trợ không hoàn lại). Công trình có tổng đầu tư gần 200 tỷ đồng từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ, quy mô 300 giường bệnh, hoạt động điều trị theo tiêu chuẩn khép kín, đồng bộ và hiện đại bậc nhất Việt Nam.
Tại lễ khánh thành Trung tâm Ung bướu Huế, Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến cho biết, Bộ đồng ý cho Bệnh viện T.Ư Huế đầu tư xây dựng thêm Trung tâm Sản phụ khoa quy mô 300 giường bệnh, tổng đầu tư 300 tỷ đồng.