Qua một năm triển khai chính thức (từ 01/4/2014), Hệ thống VNACCS/VCIS đã đem lại lợi ích lớn cho cộng đồng doanh nghiệp. Nếu như trước kia, trong hồ sơ hải quan, doanh nghiệp phải chuẩn bị nhiều loạigiấy tờnhư: Tờ khai hải quan, tờ khai trị giá, hợp đồng, hóa đơn… thì nay chỉ cần một chứng từ duy nhất.
Bên cạnh đó, Hệ thống cho phép tự động xác định thuế suất từng mã HS, từng dòng hàng nên hạn chế được sai sót trong quá trình nhập liệu, giảm tình trạng phụ thuộc vào văn bản, giấy tờ của cả doanh nghiệp và cán bộ hải quan.
Ngoài ra, thời gian thông quan hàng hóa cũng giảm đáng kể. Theo kết quả cuộc đo giải phóng hàng tại Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực I, Cục Hải quan TPHCM thực hiện hồi tháng 10/2014, thời gian đăng ký tờ khai hải quan qua Hệ thống VNACCS là 3 giây.
Còn thời gian trung bình từ khi doanh nghiệp đăng ký tờ khai đến khi quyết định thông quan/giải phóng hàng đối với hàng nhập khẩu chỉ còn 34 giờ, giảm 18% (năm 2013 là 42 giờ). Thời gian trung bình từ khi doanh nghiệp đăng ký tờ khai đến khi quyết định thông quan với hàng hóa xuất khẩu là 6 giờ, giảm 58% (năm 2013 là 16 giờ).
Cụ thể, ở khâu khai báo và xử lý tờ khai: Hiện thời gian tiếp nhận, xử lý và phản hồi thông tin khai báo chỉ từ 1-3 giây. Với hàng luồng xanh (miễn kiểm tra hồ sơ giấy và thực tế hàng hóa), thời gian thông quan chỉ từ 1-3 giây.
Trong khi đó, khâu giám sát hải quan, nhờ kết hợp với việc áp dụng mã vạch, thời gian thực hiện giám sát với hàng hóa xuất nhập khẩu chỉ còn vài phút thay vì hàng giờ như trước kia, giảm ách tắc hàng hóa tại cổng cảng.
Bước đột phá khác thông qua triển khai hệ thống VNACCS/VCIS là nộp thuế bằng phương thức điện tử. Ngay khi doanh nghiệp nộp thuế điện tử tại ngân hàng, thông tin nộp tiền được chuyển online cho Cổng thanh toán điện tử hải quan và lập tức được thanh khoản, trừ nợ thuế, thông quan hàng hóa.
Nhờ đó giúp giảm thiểu tình trạng cưỡng chế thuế không chính xác, giảm thời gian thông quan. Hiện đã có 19 ngân hàng thương mại ký kết phối hợp thu với Tổng cục Hải quan và con số này đang tiếp tục tăng lên.
Hệ thống VNACCS/VCIS tạo nền tảng để xây dựng thành công Cơ chế một cửa quốc gia, đem lại lợi ích lâu dài cho doanh nghiệp khi triển khai đầy đủ cơ chế một cửa.
Hiện nay VNACCS/VCIS đã kết nối với hệ thống của Hải quan Việt Nam để thực hiện Cơ chế một cửa. Sau khi đã thực hiện một số thủ tục hành chínhthuộc thẩm quyền của Bộ Công Thương, Bộ GTVT. Dự kiến đến tháng 6/2015 tiếp tục kết nối các Bộ: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài nguyên và Môi trường.
Đối với ngành Hải quan, đây là cơ hội để nâng cao năng lực, hiệu quả quản lý nhà nước, minh bạch hóa thủ tục hành chính, góp phần quan trọng hình thành chính phủ điện tử.
Để đạt được những kết quả đó, trong thời gian qua, Tổng cục Hải quan đã nỗ lực, cố gắng trong việc giám sát 24/7 và đảm bảo hệ thống vận hành ổn định, an toàn, đồng thời nhanh chóng xử lý các vướng mắc, phát sinh.