So với Quy chế thi chọn học sinh giỏi hiện hành, Quy chế thi chọn học sinh cấp quốc gia có những điểm mới.
Cụ thể, quy chế này chỉ quy định về thi chọn học sinh giỏi (HSG) cấp quốc gia, bao gồm: Kỳ thi chọn HSG quốc gia THPT và kỳ thi chọn đội tuyển quốc gia dự thi Olympic quốc tế. Các cơ quan quản lí giáo dục địa phương, cơ sở quy định việc tổ chức kỳ thi chọn HSG cấp cơ sở theo tinh thần phân cấp quản lí giáo dục.
Trong kỳ thi chọn HSG quốc gia, tổ chức thi nói các môn Ngoại ngữ và thi thực hành đối với các môn Vật lí, Hóa học, Sinh học là cần thiết; tuy nhiên, đây là việc làm mới, cần có lộ trình và giải pháp thích hợp qua các năm nên riêng năm 2012, việc thi thực hành mới chỉ áp dụng thi lí thuyết về thực hành (sẽ hướng dẫn cụ thể trong Công văn hướng dẫn tổ chức thi).
Trong kỳ thi chọn đội tuyển quốc gia dự thi Olympic quốc tế, tổ chức thi thực hành đối với các môn Vật lí, Hóa học, Sinh học theo tinh thần đáp ứng cao nhất yêu cầu phù hợp về nội dung, thời gian thi thực hành trong các kỳ thi Olympic quốc tế (sẽ hướng dẫn cụ thể trong Công văn hướng dẫn tổ chức thi).
Đặc biêt, dự thảo còn quy định về nguyên tắc việc tuyển thẳng vào đại học, cao đẳng đối với học sinh đoạt giải trong kỳ thi chọn HSG quốc gia.
Theo dự thảo, người học đoạt từ giải Ba trở lên được tuyển thẳng vào đại học, cao đẳng theo đúng ngành và nhóm ngành do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định cho từng môn thi.
Người học đoạt giải Khuyến khích được tuyển thẳng vào cao đẳng theo đúng ngành và nhóm ngành do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định cho từng môn thi.
Người học dự kỳ thi chọn đội tuyển Olympic được đặc cách xét tốt nghiệp trung học phổ thông.
Người học trong đội tuyển Olympic quốc tế và khu vực được tuyển thẳng vào các trường đại học theo nguyện vọng đăng ký và được ưu tiên đi đào tạo đại học ở nước ngoài bằng nguồn học bổng của Nhà nước.