Trong thời gian công tác tại Phòng GD-ĐT huyện Chư Sê, ông Bùi Sỹ Nguyên và bà Nguyễn Thị Hồng Thuận - nguyên Kế toán Phòng GD-ĐT huyện Chư Sê (nay là Kế toán phòng Lao động - Thương binh và Xã hội huyện Chư Sê) đã sai phạm trong việc lập chứng từ khống và duyệt chi thanh toán không đúng các khoản quy định với số tiền hơn 233 triệu đồng.
Ngoài ra có hơn 84 triệu đồng được xác định dùng chứng từ khống. Đồng thời, ông Bùi Sỹ Nguyên đã thiếu kiểm tra, giám sát dẫn đến nhiều công trình xây dựng tại các trường thi công thiếu khối lượng, sai thiết kế với sai phạm hơn 106 triệu đồng. Tổng cộng số tiền sai phạm là gần 340 triệu đồng.
Ông Bùi Sỹ Nguyên hiện đang giữ chức Bí thư Đảng ủy Thị trấn Chư Sê, huyện Chư Sê.
Toàn bộ hồ sơ sai phạm của ông Nguyên đã được UBND huyện chỉ đạo chuyển sang Cơ quan cảnh sát điều tra Công an huyện để xử lý theo quy định.