Từ năm 2000 đến năm 2006, Trung tâm quyết toán khống các mô hình sử dụng nguồn vốn do Trung tâm khuyến ngư Quốc gia cung cấp, sử dụng các nguồn thu khác để lập quỹ trái phép, nhiều sổ sách chứng từ không bảo đảm nguyên tắc tài chính, quản lý lỏng lẻo.
Đặc biệt, Trung tâm thường xuyên không nộp kinh phí thừa và kinh phí thu hồi theo quy định. Thanh tra đề nghị xử lý kỷ luật 5 cán bộ của Trung tâm.