Theo đó, tuyến đường sắt này đi trùng với nền tuyến đường sắt quốc gia dọc đường Phùng Hưng, sau đó chuyển hướng đi vào đường Hàng Đậu, cắt qua đê sông Hồng và chợ Long Biên vượt qua sông Hồng sau đó chuyển hướng đi trùng với tuyến đường sắt quốc gia hiện có.
Việc lựa chọn vị trí cầu đường sắt vượt sông Hồng cho tuyến đường sắt đô thị số 1 đã được Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội tiến hành thận trọng trên cơ sở xem xét đến tất cả các yếu tố ảnh hưởng đến kinh tế-kỹ thuật, văn hóa, lịch sử khu phố cổ và cầu Long Biên cũ.
Thành phố đã tổ chức nhiều cuộc hội thảo về các phương án xây dựng cầu và đã nhận được nhiều sự đồng thuận đối với phương án vị trí cầu cách cầu Long Biên cũ 75m về phía thượng lưu.
“Phương án này về cơ bản có khối lượng giải phóng mặt bằng ít, hạn chế tối đa ảnh hưởng đến khu vực phố cổ và phố cũ, kết nối với mạng lưới giao thông đô thị và mạng lưới giao thông công cộng khá thuận tiện và giảm bớt ảnh hưởng đến cầu Long Biên cũ,” báo cáo của Ủy ban Nhân dân thành phố nhấn mạnh.
Ngoài ra, Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội cũng đã lấy ý kiến đóng góp của Bộ Xây dựng, Bộ Giao thông Vận tải, ý kiến của các chuyên gia, nhà khoa học liên quan.
Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Giao thông Vận tải trong quá trình lập, điều chỉnh dự án cần nghiên cứu ý kiến của Bộ Xây dựng cũng như ý kiến đóng góp của các chuyên gia, nhà khoa học… để hoàn chỉnh phương án kiến trúc, kết cấu, bố trí các ga và các đường tiếp cận đảm bảo kiến trúc, cảnh quan, môi trường, hiệu quả kinh tế- xã hội và không ảnh hưởng nhiều đến cầu Long Biên.