PGS.TS Nguyễn Kim Sơn sinh năm 1966 tại xã Tân Trào, huyện Kiến Thụy, thành phố Hải Phòng, vào Đảng Cộng sản Việt Nam năm 2000. Ông là Tiến sĩ ngành Văn học Việt Nam; nghiên cứu sau tiến sĩ về Tư tưởng Nho giáo ở Việt Nam tại Đại học Harvard, Hoa Kỳ (2007-2008).
Ông được bổ nhiệm chức danh Phó giáo sư năm 2005.
Hiện nay, Giám đốc Nguyễn Kim Sơn là ủy viên Hội đồng biên soạn Nho tạng thế giới; Ủy viên Hội đồng biên tập Tạp chí Taiwan Journal of East Asian Studies (Đài Loan); Ủy viên Ban Điều hành Hiệp hội Nghiên cứu Nho giáo thế giới.