ĐB Lê Đắc Lâm (Bình Thuận) cho rằng, với đặc thù là lĩnh vực văn hóa tinh thần nên có thể nghiên cứu tính toán đưa tín ngưỡng, tôn giáo về cơ quan quản lý là Bộ VHTT&DL thì phù hợp hơn.
ĐB Lê Ngọc Hoàn (Nam Định) cho rằng, cơ quan quản lý nhà nước về hoạt động tôn giáo nên độc lập để thuận lợi hơn cho công tác quản lý thay vì như hiện nay là trực thuộc Bộ Nội vụ.
ĐB Lưu Thành Công (Vĩnh Long) cho rằng, dự thảo chưa thể hiện được đầy đủ quan điểm của Đảng, Nhà nước về tín ngưỡng, quy định như một văn bản hành chính khi yêu cầu tổ chức tôn giáo phải xin phép 20 lần trong quá trình triển khai hiến chương của mình trong khi lại ít quy định về việc Nhà nước bảo hộ quyền tự do tín ngưỡng của mọi người.
Đồng tình, ĐB Võ Thị Dung (TPHCM), cho rằng không nên can thiệp sâu vào việc bổ nhiệm, phong chức sắc trong tổ chức tôn giáo. Bởi đó là quyền của tổ chức đó căn cứ theo điều lệ, hiến chương. Nếu Nhà nước đặt ra các điều kiện phòng chức, phòng phẩm như dự thảo thì có thể vi phạm hiến chương của tôn giáo.