Hội đồng thi cụm 39 do Đại học Huế chủ trì, đã tổ chức chấm phúc khảo bài thi của thí sinh có tên theo danh sách do Sở GD&ĐT tỉnh TT-Huế gửi về từ đầu tháng 8/2016.
Tổng cộng có 321 bài phúc khảo, trong đó môn toán có 84 bài, địa lý 45 bài, vật lý 16 bài, ngữ văn 88 bài, tự luận môn tiếng Anh 19 bài, hóa học 15 bài, lịch sử 26 bài, trắc nghiệm tiếng Anh 19 bài và 9 bài môn sinh học.
Sau phúc khảo, số bài có điểm chênh lệch là 90 bài, số bài lệch điểm cần phải đối thoại giữa các cán bộ chấm thi theo quy chế là 16 bài. Trong 16 bài này, cán bộ chấm phúc khảo và trưởng ban phúc khảo đề nghị thay đổi điểm có 11 bài môn ngữ văn, 3 bài môn toán, 1 bài môn địa lý, 1 bài môn lịch sử.