Đồng thời, việc xử lý bùn thải từ các hệ thống thoát nước và công trình vệ sinh chưa được quan tâm đúng mức. Bùn thải chưa qua xử lý hoặc được xử lý bằng các công nghệ thủ công lạc hậu đang được thải trực tiếp ra môi trường, gây ô nhiễm nặng nề.
Đây đúng là một thực tế mà Tiền Phong từng có loạt bài về “Những khu đô thị xả thẳng nước thải” hồi tháng 5/2013. Khảo sát của PV lúc đó cho thấy, hầu như các khu đô thị không làm hệ thống xử lý chất thải do sợ đội chi phí; còn cơ quan quản lý đùn đẩy trách nhiệm.