Ở tình huống diễn ra ở cuối trận, Công Phượng va chạm với một cầu thủ U23 UAE và bị ngã trong vòng cấm. Tuy nhiên trọng tài chính cho rằng không có lỗi của hậu vệ áo trắng. Ban đầu, tưởng như chấn thương của Công Phượng không quá nặng, nhưng khi nhìn thấy tiền đạo gốc Nghệ An đổ gục xuống sân Grand Hamad, tất cả đều ngỡ ngàng.
Công Phượng tỏ ra vô cùng đau đớn và giơ tay xin sự trợ giúp. Trọng tài cho ngừng trận đấu để các bác sĩ vào sân chăm sóc chấn thương cho Công Phượng. Ngay lập tức, Công Phượng được đưa lên xe chuyên dụng để rời sân. Ngay sau đó, lãnh đội cùng với các bác sĩ của U23 Việt Nam đã đưa Công Phượng nhập viện khẩn cấp để kiểm tra mức độ chấn thương.
Tại bệnh viện, sau khi được chụp phim, các bác sĩ cho biết Công Phượng bị gãy xương quai xanh. Anh được phẫu thuật ngay trong đêm tại Qatar. Sau đó, các bác sĩ bó bột vùng vai và ngực trái. Với chấn thương nặng này, Công Phượng sẽ phải ở lại Qatar vài ngày để điều trị chấn thương. Ở lại cùng Công Phượng có một cán bộ phòng đội tuyển VFF và chuyên gia vật lý trị liệu Kubo Shinichi của U23 Việt Nam.
Ngay sau trận đấu với U23 UAE, U23 Việt Nam sẽ trở về nước trên chuyến bay mang số hiệu QR 0970, khởi hành lúc 1h45 ngày 21/1 (giờ Qatar). Toàn đội sẽ hạ cánh xuống sân bay Tân Sơn Nhất (TP HCM) lúc 12h45 cùng ngày (giờ Việt Nam).