Đây là một trong ba Sở chỉ huy được Bộ Tư lệnh Quân khu 5 thành lập trên địa bàn hai tỉnh Bình Định và Quảng Ngãi để chỉ đạo, đôn đốc công tác ứng phó bão số 6.
Trước đó, vào sáng 9/11, Bộ Tư lệnh Quân khu 5 đã chỉ đạo các cơ quan, đơn vị theo dõi nắm chắc diễn biến tình hình bão số 6.
Theo đó, Bộ CHQS tỉnh Bình Định cũng đã triển khai kế hoạch hiệp đồng với các đơn vị đứng chân trên địa bàn trong công tác chuẩn bị và ứng phó bão số 6. Đồng thời, chỉ đạo các cơ quan, đơn vị duy trì nghiêm kíp trực sẵn sàng chiến đấu, kịp thời theo dõi, nắm chắc hướng di chuyển của cơn bão.
Đến chiều tối 9/11, các đơn vị đã chuẩn bị đầy đủ các phương tiện cứu nạn cứu hộ trong mưa bão cũng như giường, chiếu, vật chất sinh hoạt tại các phòng tập trung cho 1.785 cán bộ, chiến sĩ của tỉnh và các địa phương sẵn sàng thực hiện nhiệm vụ khi có lệnh.
Tỉnh Bình Định cũng đã huy động hơn 3.700 cán bộ chiến sỹ quân đội, công an và có sự hỗ trợ của Quân khu 5 xuống các địa phương ven biển, vùng ngập lụt giúp dân ứng phó với bão số 6.