Thời điểm kiểm tra, công an phát hiện toàn bộ nước thải phát sinh từ quá trình sản xuất ở nhà xưởng của công ty trên xả ngầm trực tiếp ra kênh An Hạ gây ô nhiễm môi trường. Ngoài ra, nhiều thùng phuy đựng các loại hóa chất nghi độc hại được để ở ngoài sân xưởng. Các lò đốt phế phẩm xả khí thải vượt mức cho phép.
Trụ sở chính của Cty TNHH Athena nằm ở Long An, toàn bộ khu xưởng rộng gần 5.000m2, tuy nhiên công ty này lại mở thêm nhà xưởng tại xã Tân Thông Hội, huyện Củ Chi với chức năng dệt, nhuộm vải sợ màu và in khăn. Theo cơ quan chức năng, việc làm này là sai quy định vì khu đất ở xã này đã được quy hoạch, không được cấp phép hoạt động.
Trước đó, tháng 9/2015, công ty trên đã bị cơ quan chức năng xử phạt 135 triệu đồng do khu xưởng đặt tại xã Tân Thông Hội, huyện Củ Chi hoạt động không giấy phép kinh doanh và xả khí thải vượt chuẩn cho phép.
Ngay sau khi kiểm tra, cơ quan chức năng đã yêu cầu nhà xưởng ngưng hoạt động để tiếp tục điều tra.