Di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ được lấy tên theo tên làng Phong Lệ xưa. Trong quá khứ, đây là vùng đất được chuyển giao từ vương quốc Chămpa sang Đại Việt sau cuộc hôn nhân lịch sử giữa vua Champa Chế Mân và công chúa Huyền Trân.
Những năm cuối thế kỷ XIX, Phong Lệ đã được ông Camille Paris lựa chọn để lập đồn điền trồng cà phê, chè, thơm. Trong quá trình khai phá, người ta đã khám phá ra tàn tích của một ngôi tháp đổ nát.
Theo ghi chép của nhà khảo cổ học người Pháp Henri Parmentier: “Ngôi tháp chỉ còn lại một ụ đất bị cỏ bao phủ trên một đồi tháp. Có thể nhìn thấy dấu vết của bức tường trải dài theo hướng bắc - nam. Theo những thông tin thu thập được thì dường như đã có nhiều kiến trúc tập trung tại địa điểm này trên ngọn đồi… Người ta đã lấy gạch ở đây để xây ngôi villa của lãnh địa cùng công trình phụ và nhiều tảng gạch được lấy lát đường dẫn ra bờ sông và còn thấy những mảnh vỡ của các hiện vật điêu khắc…”
Sau đó, ông Camille Paris - người chủ đồn điền Phong Lệ đã thu thập ở đây nhiều hiện vật điêu khắc Chămpa và chuyển về công viên Tourane (sau này là Bảo tàng Điêu khắc Chăm). Năm 1909, Parmentier đã thống kê được 21 hiện vật mang về từ Phong Lệ; năm 1918 thì có 9 hiện vật. Sau giai đoạn này, địa điểm khảo cổ Chăm Phong Lệ bị lãng quên, hoang phế, cây cối mọc rậm rạp, và ít người qua lại.
Việc khai quật khu di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ tình cờ vào tháng 4 năm 2011, gia đình ông Ông Văn Tồn và bà Lê Thị Út, trú tại xóm Cấm (tổ 3, phường Hòa Thọ Đông, quận Cẩm Lệ) khi đào móng làm nhà đã phát hiện ra một pho tượng cổ đầu người mình chim và nhiều gạch Chăm. Ngay sau đó, Bảo tàng Điêu khắc Chăm đã thực hiện khai quật khẩn cấp. Tiếp đó, năm 2012 và năm 2018, di chỉ khảo cổ Chăm Phong lệ tiếp tục được khai quật khảo cổ.
Từ ngày 17/7 - 17/8/2018, trên cơ sở kế thừa kết quả nghiên cứu từ hai đợt khai quật trước, Bảo tàng Điêu khắc Chăm Đà Nẵng tiếp tục phối hợp với Trường ĐHKHXH&NV (ĐH Quốc gia Hà Nội) khai quật thêm một phần diện tích rộng 308m2…
Qua ba đợt khai quật, Đoàn khảo cổ đã nhận định Di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ là một tổ hợp kiến trúc phân bố trên một gò đất cao, được bao quanh bởi một dòng chảy cổ thuộc dòng sông Cẩm Lệ. Di tích được người Champa khởi dựng vào khoảng đầu thế kỉ X và được duy trì thờ tự cho đến ít nhất vào thế kỷ XII.
Đặc biệt, quá trình khảo cổ, các nhà nghiên cứu đã tìm thấy “Hố thiêng” còn nguyên vẹn trong lòng tháp. Đây là một phát hiện mới, có ý nghĩa khoa học trong quá trình nghiên cứu khảo cổ, nghiên cứu đối với kiến trúc và nền văn hoá Chăm còn nhiều ẩn số.
"Hố thiêng" trong lòng tháp Phong Lệ với nhiều phát hiện thú vị qua các lần khảo cổ.
Tháng 9/2013, UBND TP Đà Nẵng có Quyết định số phê duyệt Sơ đồ ranh giới bảo vệ di chỉ khảo cổ Phong Lệ với với diện tích 2.653m2
Tháng 12/2016, căn cứ trên tình hình thực tế, UBND TP Đà Nẵng đã phê duyệt Sơ đồ ranh giới quy hoạch sử dụng đất và mở rộng quy hoạch định hướng bảo tồn phát huy di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ với diện tích 17.087m2.
Tháng 11/2017, UBND TP Đà Nẵng có Quyết định phê duyệt Đề án khảo cổ và phát huy giá trị Khu di tích Chăm Phong Lệ. Theo đó, về bố cục không gian, chia làm 3 khu vực với các chức năng: Khu vực bảo tồn, diện tích 2.653m2, khu vực bảo vệ di tích 1.626m2 và khu vực phát huy giá trị di tích 15.461m2..
Cùng với di tích Nghĩa trủng Hòa Vang (phường Khuê Trung), khu di tích Chăm Phong Lệ trong tương lai sẽ là một phần trong cụm các di tích lịch sử, văn hóa được liên kết để phát triển du lịch.
Phát biểu tại buổi lễ đón nhận bằng công nhân di tích cấp thành phố, ông Lê Quang Nam, Phó chủ tịch UBND TP Đà Nẵng, cho biết: Đà Nẵng hiện có 2 di tích quốc gia đặc biệt, 17 di tích quốc gia và 60 di tích thành phố nhưng trong số đó chỉ mới có 1 di tích thuộc loại hình di tích khảo cổ. Đó chính là Di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ…
Ông Nam nhấn mạnh: Di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ là những thông điệp văn hóa quá khứ bị lãng quên do hoàn cảnh lịch sử. Những di tích, di vật tìm được đã phản ánh nhiều mặt về đời sống xã hội, tinh thần, kinh tế của người Champa tại vùng đất Amaravati từ thế kỷ X – thế kỷ XII. Những kiến trúc, tác phẩm điêu khắc đá đã góp phần khẳng định về tinh thần tôn giáo của người Champa xưa - tục thờ các vị thần có nguồn gốc Ấn độ giáo. Đồng thời, phản ánh kỹ thuật chế tác vật liệu xây dựng, kỹ thuật xây cất, kỹ thuật khắc tạc đá.
Phó chủ tịch UBND TP Đà Nẵng đề nghị, chính quyền, nhân dân phường Hòa Thọ Đông, UBND quận Cẩm Lệ, Sở VH&TT cùng chung tay bảo tồn và phát huy giá trị Di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ xứng tầm với vị thế của một di sản quý giá của thành phố. Tham mưu UBND TP xây dựng Dự án Bảo tàng Điêu khắc Chăm giai đoạn 2 và bảo quản, tu bổ, phục hồi Di chỉ khảo cổ Chăm Phong Lệ trình UBND TP phê duyệt làm cơ sở cho việc tu bổ, tôn tạo và phát huy bền vững giá trị di sản trong thời gian tới.