Theo đánh giá của VRN, thời gian qua, không ít thủy điện khu vực miền Trung - Tây Nguyên đã làm thay đổi dòng chảy của sông, xói lở bờ bãi, gây tình trạng khô hạn, ngập lũ vùng hạ du, ảnh hưởng sản xuất và sinh hoạt của dân.
Thủy điện còn làm suy thoái tài nguyên rừng, thay đổi hệ sinh thái sông ngòi, khiến dân cư phải di dời, tái định cư, dẫn đến nhiều khó khăn về sinh kế, sinh hoạt văn hóa truyền thống tại nơi ở mới.
Việc quản trị các công trình thủy điện, từ khâu quy hoạch đến vận hành công trình, còn nhiều bất cập. Nhiều báo cáo đánh giá tác động môi trường liên quan thủy điện không sát thực tế, chỉ mang tính thủ tục, đối phó.
Nhóm tư vấn đánh giá tác động môi trường và xã hội thuộc Liên hiệp các Hội Khoa học Kỹ thuật tỉnh TT-Huế dẫn chứng tác động từ thủy điện A Lưới (TT-Huế). Công trình này được xây dựng đã dẫn đến một thực tế là đa số người dân liên quan (88%) bị mất toàn bộ hoặc còn rất ít đất sản xuất. Điều này đe dọa an ninh lương thực ở cấp độ hộ gia đình, cũng như công tác xóa đói giảm nghèo bền vững của cộng đồng.
Thêm nữa, 50% hộ dân bị mất đất trồng rừng do thủy điện A Lưới, kể cả đất cà phê, đã hạn chế cơ hội phát triển sinh kế dựa vào sản xuất nông, lâm nghiệp. Nhóm nghiên cứu cũng xác định, thủy điện A Lưới gây 22 tác động tiêu cực đối với các cộng đồng dân cư bị ảnh hưởng, trong đó, đáng chú ý là tình trạng mất rừng, thiếu đất sản xuất, đền bù không thỏa đáng, thiếu nước sinh hoạt, bất an khi có mưa lũ…
Theo một nghiên cứu khác về những vấn đề nảy sinh tại các thủy điện ở tỉnh Quảng Nam, quy trình vận hành hồ chứa thủy điện vùng này chỉ tập trung cách điều tiết nước vào mùa lũ, chưa đề cập điều tiết nước mùa khô.
Theo quy định, mỗi khi dự án thủy điện hoàn thành, cần phải có chứng nhận thực hiện đầy đủ công tác bảo vệ môi trường lúc tiến hành xây dựng. Tuy nhiên, hiện chưa có công trình thuỷ điện nào tại khu vực này được xác nhận hoàn thành đầy đủ công tác bảo vệ môi trường như đã nêu, nhưng chủ đầu tư vẫn cho phát điện.