Thiền viện được xây theo lối kiến trúc Phật giáo thời Lý - Trần, trên khuôn viên rộng 4 ha. Đại tướng Phạm Văn Trà - nguyên Bộ trưởng Bộ Quốc phòng - là người khởi xướng, trưởng ban vận động kinh phí xây dựng, cho biết: “Cần Thơ là vị trí trung tâm vùng ĐBSCL nên tôi mong muốn phái Trúc Lâm Yên Tử sẽ khôi phục và phát triển mạnh, trải dài từ Bắc đến Nam, đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng tâm linh cho các tầng lớp tín đồ Phật tử”.
Đại đức Thích Bình Tâm, Trụ trì Thiền viện, cho biết đây là ngôi chùa rộng lớn nhất vùng ĐBSCL hiện nay, đáp ứng nhu cầu giảng đạo và tu học cho khoảng 500 tăng sinh. Dịp khánh thành, Chủ tịch nước Trương Tấn Sang và nguyên Tổng Bí thư Lê Khả Phiêu đã cung tiến 2 tượng Phật.