Theo quy hoạch, đường Nhật Tân - Nội Bài được coi là tuyến giao thông động lực, cửa ngõ quốc tế của thủ đô. Cuối năm 2013, sau khi Đại tướng Võ Nguyên Giáp qua đời, tuyến đường này được xem xét mang tên Đại tướng vì được xây dựng theo tiêu chuẩn quốc tế, hạ tầng cơ sở hiện đại, xứng tầm với danh nhân.
Đoạn đường qua hai thôn Sơn Du và Khê Nữ (thuộc địa bàn xã Nguyên Khê) vẫn ngổn ngang và chậm tiến độ vì bị người dân thôn Sơn Du chặn xe của công trình, không cho qua lại con đường dẫn từ Sơn Du sang Khê Nữ.
Theo thiết kế kỹ thuật, người dân xã Nguyên Khê sẽ vượt qua con đường này thông qua 3 vị trí là dưới cầu vượt đường sắt, trên cầu vượt Nguyên Khê và dưới cầu vượt Cà Lồ. Tuy nhiên, năm 2012, UBND huyện Đông Anh đã kiến nghị Bộ GTVT và UBND Hà Nội đề nghị bổ sung hai hầm chui dân sinh tại thôn Sơn Du và thôn Khê Nữ. Thời điểm đó, Bộ GTVT và Hà Nội đã khảo sát và quyết định bổ sung hầm chui tại km3 + 200, trên địa bàn thôn Khê Nữ. Đề xuất bổ sung hầm chui của người dân Sơn Du, theo ý kiến của Bộ Giao thông, là không khả thi vì phải điều chỉnh nâng cao mặt đường lên 3 m so với hiện tại trong phạm vi 400 m, không phù hợp với tiêu chuẩn kỹ thuật tuyến đường, phá vỡ quy hoạch chung hai bên tuyến của UBND thành phố Hà Nội.
Chị Tô Thị Chung 40 tuổi người xã Sơn Du bức xúc ra chặn đầu xe của công trình không cho qua. "Khi nào giải quyết đường đi cho dân thì mới cho qua không thì sẽ tiếp tục chặn", chị này nói. Đây chính là nơi người dân xã Sơn Du đã vây lấy Bộ trưởng Giao thông Đinh La Thăng để kêu cứu hôm 9/11 khi ông đi thị sát công trường. "Chúng tôi không thể dắt trâu qua đường gom dài mấy km, đi bộ từ nhà thì đến trưa mới ra cánh đồng, đến nơi thì cả người và trâu đều mệt", một người dân bức xúc than.
Với người dân thôn Sơn Du, trong khi kiến nghị làm hầm chui bị bác bỏ, tuyến đường liên thôn đến hầm chui thôn Khê Nữ cách đó 1km cũng chưa hoàn thành, gây bức xúc. Đoạn đường nhựa nối hai thôn phía bên Sơn Du đã xuống cấp nghiêm trọng. Hiện tại người dân Sơn Du vẫn có thể đi qua đoạn đường này để sang làm đồng. Nhưng sau khi tuyến đường Nội Bài - Nhật Tân hoàn thành thì người dân Sơn Du phải đi lên hầm dân sinh cách đấy 1km mới sang được cánh đồng.
Để giải quyết đường đi cho người dân, đơn vị thi công đang khẩn trương thi công 3 ca để quyết tâm hoàn thành tuyến đường liên thôn tại khu vực này xã Nguyên Khê vào ngày 12/11 như chỉ đạo của ông Đinh La Thăng.
Không chỉ bổ sung một hầm chui trên tại xã Nguyên Khê (huyện Đông Anh), trên tuyến Nhật Tân - Nội Bài, Ban quản lý dự án 85 còn phải bổ sung thêm một hầm chui dân sinh tại xã Tiên Dương (huyện Đông Anh) vì người dân khiếu nại dự án làm mất đường đi.Theo Ban quản lý dự án 85 (đại diện chủ đầu tư), hai hầm chui đã được bổ sung theo nguyện vọng của người dân trong khu vực phục vụ nhu cầu đi lại thời điểm hiện tại mà trước đó đơn vị thiết kế tuyến đường chưa tính đến. Tuy nhiên, về lâu dài các hầm chui này có thể không phù hợp bởi hai bên tuyến đường này được thành phố Hà Nội quy hoạch là các khu đô thị chứ không phải phục vụ bà con sản xuất nông nghiệp.
Theo lãnh đạo Ban quản lý dự án 85, thiết kế cầu Nhật Tân được làm từ năm 2006 đã không tính đến lưu lượng phương tiện gia tăng quá lớn trên đường Yên Phụ như hiện nay, nên đơn vị thiết kế không lên phương án cầu vượt hay hầm ngầm qua nút giao này. Hạng mục bổ sung lớn nhất vào dự án cầu Nhật Tân là xây dựng cầu vượt trên đường Yên Phụ tại nút giao Phú Thượng để phục vụ phương tiện lên cầu Nhật Tân với giá trị hàng trăm tỷ đồng. Nếu không có cầu vượt này, hai luồng phương tiện lên và xuống cầu Nhật Tân sẽ bị xung đột, gây ùn tắc giao thông đầu cầu phía nam.
Hầm chui dân sinh đoạn km3+200 đã gần hoàn thiện chỉ chờ tuyến đường thông hai thôn Sơn Du và Khê Nữ hoàn tất là người dân có thể đi lại và sinh hoạt bình thường.
Trong buổi kiểm tra dự án cầu Nhật Tân cuối tuần trước, Bộ trưởng GTVT Đinh La Thăng đã thẳng thắn cho rằng, thiết kế nút giao phía nam cầu Nhật Tân là "thiếu tầm nhìn", cần phải sửa chữa để tránh ùn tắc giao thông như nút giao cầu Thanh Trì. Theo ông Thăng, sau khi một thứ trưởng Xây dựng cho rằng có khả năng ùn tắc tại nút giao này nên ông tiếp thu và chỉ đạo các cơ quan liên quan gấp rút bổ sung cầu vượt trên đê Yên Phụ.