Hiện thanh tra xây dựng tại các quận huyện, phường xã đều trực thuộc Sở Xây dựng nhưng chỉ có chức năng kiểm tra, lập biên bản, đề xuất hình thức, biện pháp xử lý, còn chức năng thực hiện lại do chính quyền địa phương.
Để xóa bỏ bất cập này, Hà Nội đã có quyết định, từ tháng 7/2016 lực lượng thanh tra xây dựng tại các địa phương sẽ đưa về trực thuộc quyền quản lý của UBND các quận, huyện.