Báo cáo của Ủy ban Văn hóa, Giáo dục khẳng định đầu tư cho lĩnh vực giáo dục đại học nói chung, đào tạo trình độ tiến sĩ nói riêng còn thấp. Tỉ lệ ngân sách nhà nước chi cho giáo dục đại học trong 3 năm gần đây chỉ đạt chưa đến 5% tổng chi ngân sách cho giáo dục và đào tạo (xấp xỉ khoảng 1% so với tổng chi ngân sách nhà nước).
Mặc dù tỉ trọng chi ngân sách nhà nước cho giáo dục đại học của Việt Nam giai đoạn 2018-2020 tăng từ 0,25% lên 0,27% GDP song còn thấp hơn nhiều so với khu vực và thế giới. Thống kê cho thấy, chi đầu tư cho giáo dục đại học tính trên GDP ở một số nước trong khu vực như Thái Lan đạt 0,64%, Trung Quốc: 0,87%, Singapore và Hàn Quốc: 1%, Malaysia: 1,13%. Một số quốc gia tiên tiến trên thế giới có mức đầu tư này cao hơn như Pháp: 1,25%; Anh: 1,29%, Australia: 1,54%, New Zealand: 1,63% và Phần Lan là 1,89%.
Chi phí đào tạo 1 tiến sĩ ở Việt Nam tại các trường đại học công lập hiện nay trung bình khoảng 16 triệu đồng/năm (trừ lĩnh vực khoa học sức khỏe, khoảng gần 32 triệu đồng/năm), thấp hơn rất nhiều so với chi phí đào tạo tiến sĩ ở một số nước trong khu vực và trên thế giới. Ở Anh, chi phí đào tạo 1 tiến sĩ khoảng 15-16.000 Bảng Anh/năm; Úc có chi phí khoảng 22-40.000 AUD/năm; Hà Lan khoảng từ 13-20.000 EUR/năm; ở Singapore trung bình từ 20-25.000 SGD/năm; ở Mỹ khoảng 28-40.000 USD/năm. Như vậy, chi phí đào tạo 1 tiến sĩ ở các nước trên gấp từ 22 lần đến 56 lần.
Do đó, các cơ sở đào tạo tiến sĩ trong nước gặp rất nhiều khó khăn trong bảo đảm điều kiện thuận lợi cho nghiên cứu sinh thực hiện nghiên cứu, tiếp cận với tài liệu, công bố khoa học mới nhất để tham khảo và nâng cao chất lượng luận án.
Cơ chế, chính sách học bổng và hỗ trợ kinh phí đào tạo cho nghiên cứu sinh của Việt Nam chưa được quan tâm đúng mức. Ở nhiều nước trên thế giới và trong khu vực, nghiên cứu sinh không những không phải đóng học phí mà còn được cấp học bổng với mức đủ bảo đảm chi phí sinh hoạt hằng tháng và kinh phí hỗ trợ cho việc hoàn thiện luận án tiến sĩ, thậm chí còn được nhận lương khi tham gia trợ giảng hoặc nghiên cứu cùng người hướng dẫn (như ở Mỹ, Hàn Quốc, Singapore…).
Trong khi đó, nghiên cứu sinh ở Việt Nam vừa phải đóng học phí, vừa bị hạn chế tiếp cận các nguồn tài trợ nghiên cứu từ cơ sở đào tạo. Hiện Nhà nước mới chỉ có cơ chế hỗ trợ tài chính cho nghiên cứu sinh được lựa chọn theo Đề án nâng cao năng lực đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý các cơ sở giáo dục đại học giai đoạn 2019-2030 (ban hành kèm theo Quyết định số 89/QĐ-TTg), bao gồm: hỗ trợ kinh phí thực hiện đề tài luận án (từ 13-20 triệu đồng/người học/năm và không quá 4 năm) và hỗ trợ đăng bài báo khoa học quốc tế; hỗ trợ tham dự các hội nghị, hội thảo quốc tế hoặc thực tập ngắn hạn ở nước ngoài (1 lần trong cả quá trình đào tạo);
Đồng thời, chưa có các chính sách hỗ trợ, thu hút người học tiến sĩ ở các ngành, lĩnh vực nghiên cứu khoa học tự nhiên và công nghệ rất cần thiết nhưng kén chọn người học, không hấp dẫn nghiên cứu sinh (như các ngành vật lý địa cầu, vật lý hạt nhân, các ngành nông nghiệp, chăn nuôi…).