Theo phương án cũ, Dự án HĐBĐC trên quốc lộ 1A có điểm đầu tại thôn Hảo Sơn (Hòa Xuân Nam, Đông Hòa, Phú Yên), điểm cuối tại thôn Cổ Mã (Vạn Thọ, Vạn Ninh, Khánh Hòa), chiều dài toàn tuyến là hơn 11km, trong đó hầm chính dài 5.400m, tổng vốn đầu tư khoảng 1,4 tỷ USD.
Cty ĐTĐC đã khởi công khu tái định cư dự án HĐBĐC vào ngày 16-10-2010, dự định chính thức khởi công dự án trong tháng 12-2010. Nhưng theo đơn vị tư vấn là Cty Egis BCEOM (Pháp), có một số vấn đề lớn có thể làm tăng chi phí, gây sự cố khi triển khai dự án. Công ty ĐTĐC đã cùng chuyên gia xây dựng phương án tuyến mới và so sánh với phương án tuyến cũ.
Theo phương án mới, chiều dài toàn tuyến tăng lên hơn 13km, nhưng chiều dài hầm chính chỉ còn 3.900m, đi qua vùng có địa chất ổn định hơn, giảm được thời gian thi công, chi phí đầu tư và duy tu bảo dưỡng.
Phương án tuyến mới cũng tránh được phần lớn khu đông dân cư, giảm chi phí di dời, tái định cư. Theo phương án mới, tổng mức đầu tư của dự án là 797 triệu USD, chỉ bằng 57% so với phương án cũ.