Tuy nhiên, người đứng đầu cuộc đảo chính, tướng Gedofroid Niyombare hiện vẫn đang trốn chạy.
Trước đó, ông Nyombare nói với AFP là sẽ đầu hàng, và hy vọng không bị giết.
Tổng thống Nkuruniza trong khi đó đã trở về Burundi với 1 phái đoàn hộ tống đông đảo. Địa điểm đầu tiên ông Nkuruniza đặt chân khi trở về nước là thị trấn quê nhà Ngozi ở miền bắc, trước khi tiếp tục quay lại thủ đô Bujumbura.
Tại đây, ông Nkuriuniza đã gặp những người ủng hộ mình.
Bất ổn xảy ra ở Burundi hồi tháng trước khi Tổng thống Nkuruniza tuyên bố tiếp tục nhiệm kỳ thứ 3. Phe đối lập cáo buộc việc này vi phạm hiến pháp Burundi.
Hôm 26/4, những người phản đối ông Nkuruniza đã đụng độ với cảnh sát tại thủ đô Bujumbura. Ngày 13/5, khi ông Nkuruniza đang trong chuyến công du nước láng giềng Tanzania, tướng Gedofroid Nyombare đã tuyên bố bãi nhiệm Tổng thống và toàn bộ nội các.
Cuộc đảo chính nhận được sự ủng hộ của hàng nghìn người, nhưng nhanh chóng thất bại.
Bộ trưởng An ninh Gabriel Nizigama cho biết, 2 chỉ huy cùng hơn chục cảnh sát khác cũng bị bắt sau cuộc đọ súng diễn ra nhanh chóng ở ngôi nhà những người này ẩn ấp.
Theo Liên Hợp Quốc, đã có 105.000 người chạy khỏi Burundi kể từ khi bất ổn nổ ra hồi tháng trước ở nước này.