4 bị can, gồm: Nguyễn Thị Tuyết Nghĩa, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Thịnh Phát Kon Tum và Nguyễn Ngọc Thạch, Phó Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Thịnh Phát Kon Tum bị khởi tố về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”; Phạm Anh Thơ - Tổ trưởng tổ nông sản và Võ Minh Khôi, nhân viên phòng Kế hoạch kinh doanh thuộc Công ty Lương thực Vĩnh Long bị khởi tố về tội “Cố ý làm trái quy định Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”.
Trong số 4 bị can, Võ Minh Khôi được cho tại ngoại, còn 3 bị can khác bị bắt tạm giam để phục vụ công tác điều tra.
Liên quan đến vụ án này, trước đó, cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố 3 bị can về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”, gồm: Dương Lê Dũng, Giám đốc Công ty Lương thực Vĩnh Long; Huỳnh Văn Thức, Trưởng phòng Kinh doanh và Trần Thị Diễm Thúy, Kế toán trưởng. Trong quá trình điều tra, bị can Dương Lê Dũng đã chết nên cơ quan Cảnh sát điều tra đã đình chỉ điều tra bị can này.
Theo tài liệu điều tra, Công ty Lương thực Vĩnh Long là Chi nhánh thuộc Tổng Công ty Lương thực Miền Nam, có 100% vốn Nhà nước. Hành vi sai phạm của các bị can nêu trên được xác định như sau: Từ tháng 2 đến tháng 6/2012, Công ty Lương thực Vĩnh Long đã ký 25 hợp đồng hợp tác kinh doanh với Công ty cổ phần Tập đoàn Thịnh Phát Kon Tum với nội dung là Công ty Lương thực Vĩnh Long cấp vốn cho Công ty cổ phần Tập đoàn Thịnh Phát Kon Tum để thu mua sắn lát xuất khẩu nhưng thực chất là cho vay vốn với lãi suất từ 6 đến 8%/năm. Các hợp đồng hợp tác kinh doanh được ký nhằm hợp thức hóa xuất hóa đơn giá trị gia tăng bán hàng.
Trong quá trình hợp tác kinh doanh, Nguyễn Thị Tuyết Nghĩa và Nguyễn Ngọc Thạch đã có hành vi gian dối trong việc khai khống số lượng sắn lát tồn kho từ 24 ngàn tấn lên 39 ngàn tấn nhằm chiếm đoạt tiền của Công ty Lương thực Vĩnh Long (sau khi đối trừ các tài sản thế chấp, khoản tiền chiếm đoạt khoảng 58 tỷ đồng).
Đối với bị can Phạm Anh Thơ và Võ Minh Khôi được giao nhiệm vụ giám sát hàng hóa nhập kho báo về Công ty Lương thực Vĩnh Long để công ty chuyển tiền tạm ứng cho Công ty cổ phần Tập đoàn Thịnh Phát Kon Tum nhưng đã không thực hiện đúng chức trách được giao, ký xác nhận khối lượng sắn lát do Công ty cổ phần Tập đoàn Thịnh Phát Kon Tum mua nhập kho, gây thiệt hại cho tài sản của Nhà nước.