Theo nguyên tắc tại Đề án Quỹ Bảo trì đường bộ đã trình Chính phủ thì khi Quỹ Bảo trì đường bộ được hình thành, sẽ xóa bỏ ngay các trạm thu nộp ngân sách nhà nước. Đối với các trạm thu phí đã thực hiện bán quyền thu phí và các trạm thu phí hoàn vốn theo Văn bản số 3170/KTN ngày 25-6-1997 của Thủ tướng Chính phủ sẽ tiếp tục duy trì cho đến khi thực hiện xong hợp đồng chuyển giao quyền thu phí và hoàn thành việc trả nợ vay, tối đa đến hết năm 2015, sau đó sẽ xóa bỏ. Những trạm thu phí theo hình thức BOT sẽ tiếp tục duy trì.
Căn cứ vào nguyên tắc sắp xếp trạm thu phí tại Đề án Quỹ Bảo trì đường bộ đã trình Chính phủ, Tổng cục ĐBVN đề xuất phương án xử lý các trạm thu phí trên quốc lộ. Theo đó, xóa bỏ ngay các trạm thu phí hiện đang thu nộp ngân sách, không có chủ trương bàn giao cho nhà đầu tư BOT; Tiếp tục thu phí tại các trạm đã bàn giao, dự kiến bàn giao hoặc có chủ trương bàn giao cho nhà đầu tư các dự án BOT; Tiếp tục thu phí tại các trạm đang thực hiện hợp đồng chuyển giao quyền thu phí. Các trạm này sẽ xóa bỏ hoặc tiếp tục bàn giao cho các nhà đầu tư BOT nâng cấp QL1 khi thực hiện xong hợp đồng (Dự kiến vào năm 2015); Tiếp tục thu phí tại các trạm đang trả nợ vay các dự án theo Văn bản số 3170/KTN ngày 25-6-1997 của Thủ tướng Chính phủ. Các trạm này sẽ xóa bỏ, hoặc tiếp tục thu để trả nợ cho các dự án 3170 khác, hoặc tiếp tục bàn giao cho các nhà đầu tư BOT khi thực hiện xong hợp đồng.
Nếu không có chủ trương bàn giao cho nhà đầu tư BOT thì thời hạn tối đa để xóa bỏ là hết năm 2015. Trong trường hợp xóa bỏ khi chưa trả nợ xong thì dùng nguồn Quỹ Bảo trì để trả nợ cho ngân hàng; Tiếp tục thu phí tại các trạm đang nộp ngân sách hoặc đang thu bổ sung vốn điều lệ cho CIPM Cửu Long nhưng đã có chủ trương để đầu tư cho đường cao tốc. Tiếp tục thu phí tại các trạm trên đường cao tốc.
Các trạm xóa bỏ ngay
Trong tổng số 14 trạm hiện đang thu nộp ngân sách nhà nước, có 6 trạm Dự kiến bàn giao cho nhà đầu tư các dự án BOT trong thời gian tới: Trạm cầu Gianh - QL1, Trạm Đông Hà-QL1, Trạm Phú Bài-QL1, Trạm Cam Thịnh- QL1, Trạm Ninh An - QL1, Trạm Số 4 QL14. Trạm cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương hiện đang thu nộp ngân sách để bảo trì đường cao tốc, dự kiến bán quyền thu phí trong thời gian tới để hoàn vốn đầu tư đường cao tốc. Trạm Mỹ Thuận QL1 hiện đang thu nộp ngân sách, hiện Thủ tướng Chính phủ đã giao cho Bộ GTVT xây dựng phương án dùng nguồn thu trạm này để hỗ trợ dự án cao tốc Trung Lương - Cần Thơ.
Như vậy, đối với các trạm thu nộp ngân sách, còn lại 6 trạm thu phí phải xóa bỏ ngay theo nguyên tắc tại Đề án Quỹ Bảo trì đường bộ. Bao gồm: Trạm Cầu Lường Km93+190 QL1, Trạm Ba Chẽ - QL18, Trạm Gò Dầu Km 41 QL22A, Trạm Cầu Trung Hà Km 63 QL32, Trạm Cầu Bình Km 17 QL37, Trạm Lộ Tẻ Km 65 QL80.
Các trạm thu trả nợ vay theo Văn bản số 3170/KTN của Thủ tướng Chính phủ có 5 trạm. Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề xuất: Cho xóa bỏ 4 trạm ngay sau khi trả nợ xong. Trong đó, trạm hoàn thành trả nợ sớm nhất là trạm Madrăk km62-QL26, dự kiến khoảng tháng 7-2012. Trạm hoàn thành việc trả nợ muộn nhất là trạm Buôn Hồ km 681-QL14, dự kiến khoảng tháng 8-2016. Riêng trạm Bắc Hải Vân QL1 dự kiến bàn giao cho nhà đầu tư BOT dự án hầm đường bộ Phước Tượng, Phú Gia.
Giao thông vận tải
Trên hệ thống quốc lộ và đường cao tốc hiện nay có 56 trạm thu phí bao gồm cả 2 trạm tại đường cao tốc Giẽ - Ninh Bình và TP. Hồ Chí Minh - Trung Lương. Trong đó:
- 14 trạm nộp ngân sách.
- 5 trạm trả nợ vay theo Văn bản 3170/KTN ngày 25-6-1997 của Thủ tướng Chính phủ.
- 30 trạm thu theo hình thức BOT.
- 5 trạm đấu thầu chuyển giao quyền thu phí.
- 1 trạm thu để hình thành vốn điều lệ cho CIPM Cửu Long (trạm Cần Thơ).
- 1 trạm hoàn vốn đầu tư đường cao tốc (trạm cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình)