Năm 1930, các nhà khảo cổ học Pháp đã phát hiện ra tại Cồn Điệp một di chỉ quý. Đến những năm 1960 các đoàn khảo cổ học đã tiến hành khai quật di chỉ khảo cổ ở đây. Họ đã tìm thấy nhiều bằng chứng có sự hiện diện của người Việt Cổ với nền văn hóa cách đây khoảng 6.000 – 7.000 năm trước.
Khoảng năm 1974, người dân đã buôn bán ở trên khu đất di chỉ này dần tạo nên chợ Vân. Theo thời gian phát triển, nhiều di chỉ khảo cổ đã bị người dân làm biến dạng do đào móng xây nhà.
Đến năm 2008, UBND tỉnh Nghệ An có chủ trương di dời chợ Vân cũ ra khỏi di chỉ khảo cổ.
Năm 2014, xã Quỳnh Văn đã khởi công xây dựng công trình tường bao để bảo vệ Khu di chỉ khảo cổ học Cồn Điệp, ngăn chặn người dân đào trộm vỏ sò, vỏ điệp.
Công trình gồm các hạng mục: Tường bao, cổng chính, bia dẫn tích của Khu di chỉ khảo cổ học Cồn Điệp với dự toán 1,2 tỷ đồng.
Cỏ dại mọc um tùm trong khu vực khảo cổ.
Tuy nhiên, đến nay khu bảo tồn khảo cổ di chỉ Cồn Điệp đã trở thành một vùng đất tan hoang, cỏ dại mọc kín, nơi người dân chăn thả gia súc, tập kết rác và vật liệu xây dựng.
Ông Lê Văn Ba, chủ tịch UBND xã Quỳnh Văn, huyện Quỳnh Lưu (Nghệ An) cho biết, đúng là di chỉ khảo cổ trên địa bàn xã đã được công nhận, ghi danh sử sách.
Mặc dù, chính quyền xã rất quan tâm nhưng do nguồn kinh phí hạn hẹp nên chỉ xây được tường bao, cổng.
Trong thời gian tới, chính quyền xã sẽ cố gắng hoàn thành các hạng mục còn lại để phục vụ nghiên cứu cũng như tham quan của người dân.
Khu di chỉ khảo cổ học nhìn từ bên ngoài vào.
Về thực trạng cảnh tượng bị bỏ hoang, ông Ba cho biết thêm, chính quyền địa phương đã nhiều lần nhắc nhở, tuyên truyền người dân về việc tập kết rác, vật liệu xây dựng, chăn thả gia súc... Nhưng do ý thức người dân chưa hiểu được tầm quan trọng của khu khảo cổ học nên thực trạng đó vẫn diễn ra.