Phó TGĐ TCty Phạm Văn Hiền và GĐ Cty Thương mại Du lịch Thành Lợi Nguyễn Văn Hiếu cũng bị truy tố về hai tội danh “tham ô tài sản” và “cố ý làm trái các quy định của nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo kết luận điều tra, ông Trần Văn Khánh đã chỉ đạo PTGĐ Phạm Văn Hiền ký hai hợp đồng thuê xe ôtô vượt quá quy định tài chính.
Cụ thể, ngày 9/3/2003, ký thuê một xe ôtô của Cty Thành Lợi, với giá 49,5 triệu đồng/tháng thời gian thuê là 35 tháng với số tiền 1,848 tỷ đồng, ngày 21/10/2004 Trần Văn Khánh ký biên bản thanh lý hợp đồng thuê xe với Nguyễn Văn Hiếu thời hạn 17 tháng với số tiền 841,5 triệu đồng. Ngoài ra các bị can còn ký hợp đồng mua bán và thuê khống một xe ô tô khác để rút 1,121 tỷ đồng.
Các bị can Trần Văn Khánh và Nguyễn Văn Hiếu còn ký hợp đồng cho thuê bất động sản với giá thấp hơn thực tế, lấy tiền chênh lệch, chiếm hưởng tổng cộng 1,725 tỷ đồng.
Cơ quan CSĐT còn làm rõ sai phạm trong việc nhập khẩu, mua bán phân bón giữa hai doanh nghiệp trên để chiếm đoạt 1,663 tỷ đồng của nhà nước.
Trong vụ án này, cơ quan CSĐT còn làm rõ một số cán bộ thuộc TCty VTNN có hành vi giúp sức nhưng chưa đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự nên đề nghị kiểm điểm.