Ngày 8/4/2016, ông Huỳnh Văn Nén làm đơn yêu cầu bồi thường (YCBT), tổng số tiền đòi bồi thường là 18 tỷ đồng. Cha ông Nén là cụ Huỳnh Văn Truyện và ông Nguyễn Thận được ông Nén ủy quyền thương lượng giải quyết YCBT, có một số luật sư (LS) trợ giúp pháp lý.
Sau buổi TLBT thứ ba giữa bên YCBT với đại diện TAND tỉnh Bình Thuận ngày 31/8/2016, cơ quan có trách nhiệm bồi thường (trong bài viết tắt là Tòa), bên YCBT đã rút tổng mức tiền đòi bồi thường xuống 14.137.670.000đ, Tòa chấp nhận bồi thường với số tiền là 10.000.072.000đ, trong đó số tiền bồi thường trực tiếp cho ông Nén là khoảng 4,3 tỷ đồng. Chỉ còn một số khoản hai bên chưa thống nhất.
Sáng ngày 14/10, vào buổi TLBT thứ tư, Tòa cho biết sẽ ghi âm, ghi hình để buổi thương lượng được khách quan, đưa file ghi âm, ghi hình vào hồ sơ vụ án. Tòa đề nghị bên YCBT cung cấp các chứng từ liên quan mới để làm căn cứ bồi thường. Vì thời hạn giải quyết yêu cầu bồi thường đã hết, nếu buổi TLBT này không thành thì gia đình có thể khởi kiện bằng một vụ án dân sự, tuy nhiên các bên nên cố gắng thống nhất các khoản để buổi TLBT đạt kết quả. Tuy nhiên, điều bất ngờ là Tòa cho biết, các khoản bồi thường đã thống nhất ở các buổi TLBT trước, nay cũng phải thương lượng lại theo trình tự, cụ thể từng khoản.
Tòa chấp nhận bồi thường tổn thất tinh thần cho ông Nén đối với 10 ngày bị tạm giam không có lệnh (7/5/1998 – 16/5/1998), do vậy tổng mức bồi thường tổn thất tinh thần tăng từ 930.930.000đ lên 932.580.000đ. Mức bồi thường tiền thu nhập thực tế của ông Nén bị mất trong những ngày bị giam cũng tăng từ 1.182.300.000đ lên 1.184.400.000đ.
Ngày 31/8, Tòa đã chấp nhận mức bồi thường tổn hại về sức khỏe của ông Nén là 2.151.070.000đ (tiền dự liệu tiếp tục điều trị bệnh gan là 300 triệu đồng, tiền dự liệu tiếp tục điều trị bệnh tâm thần là 200 triệu đồng, tiền thu nhập thực tế bị mất từ ngày 29/11/2015 đến khi ông Nén đủ 60 tuổi là 466.320.000đ, thu nhập thực tế của người chăm sóc ông Nén từ 61 tuổi đến 75 tuổi…). Nhưng ngày 14/10, Tòa bác mọi khoản này, chỉ chấp nhận số tiền chữa mắt cho ông Nén là 35 triệu đồng. Theo Tòa, việc dự liệu chữa bệnh cho ông Nén chưa có căn cứ, do ông Nén chưa điều trị.
Bên cạnh đó, Luật Trách nhiệm bồi thường nhà nước chỉ bồi thường cho người bị kết án oan chứ chưa có quy định về bồi thường cho người chăm sóc, nên Tòa không chấp nhận yêu cầu này. Đang lúc thương lượng về khoản này, ông Nén bỏ ra ngoài, nói không làm việc nữa.
Mức bồi thường chi phí thăm nuôi ông Nén vẫn được thống nhất, là 363.920.000đ;
Ngày 31/8, Tòa đã chấp nhận mức bồi thường thiệt hại uy tín, danh dự của cụ Huỳnh Văn Truyện là 1,5 tỷ đồng, của bà Nguyễn Thị Cẩm (vợ ông Nén) là 1 tỷ đồng, của ba con ông Nén mỗi người 400 triệu đồng, tổng cộng là 3,7 tỷ đồng. Tòa chỉ không chấp nhận bồi thường 500 triệu đồng cho mẹ ông Nén là cụ Đặng Thị Hường, với lý do cụ đã mất ngày 3/4/2014. Nhưng ngày 14/10 Tòa không chấp nhận toàn bộ mức bồi thường 3,7 tỷ đồng cho cha, vọ, các con ông Nén.
Tòa nêu lý do, theo một số văn bản hướng dẫn thực hiện trách nhiệm bồi thường nhà nước trong hoạt động thi hành án dân sự và hoạt động quản lý hành chính thì chỉ bồi thường trực tiếp cho người bị kết án oan, nên người thân của ông Nén không thuộc trường hợp được bồi thường.
Về chi phí thuê luật sư, ban đầu bên YCBT yêu cầu bồi thường 2,4 tỷ đồng, sau rút xuống 241,5 triệu đồng. Tuy nhiên Tòa chỉ chấp nhận khoản bồi thường 172,5 triệu đồng, là chi phí cho ba LS thuộc Đoàn luật sư Hà Nội và Đoàn LS tỉnh Khánh Hòa.
Bên YCBT đề nghị bồi thường các khoản chi phí đi kêu oan cho ông Nén và thiệt hại về thu nhập trong khi đi kêu oan của ông Thận, cụ Truyện và ông Huỳnh Trung Nghĩa (anh rể ông Nén) là 5,636 tỷ đồng. Ngày 31/8 Tòa chấp nhận mức 1,5 tỷ đồng (ông Thận 700 triệu đồng, cụ Truyện 500 triệu đồng, ông Nghĩa 300 triệu đồng). Nhưng nay Tòa cho rằng, do bên YCBT không chứng minh được việc bán tài sản và sử dụng tiền bán tài sản để đi kêu oan như thế nào, nên chỉ chấp nhận mức 12 triệu đồng/năm, tổng số tiền là 200 triệu đồng.
Tòa đề nghị lập biên bản riêng những khoản hai bên đã thống nhất thương lượng thành để kịp thời chi trả cho ông Nén, những khoản chưa thương lượng thành sẽ xem xét tiếp. Nhưng bên YCBT không đồng ý tách các khoản đã thương lượng thành ra để nhận trước. Buổi TLBT không thành.