Đoàn Thanh niên KTNN được thành lập năm 1994 mang những nét đặc thù của ngành (lúc đó là chi đoàn trực thuộc Quận Đoàn Ba Đình) với số lượng đoàn viên ban đầu chỉ có 5 người. Năm 2007, Đoàn Thanh niên KTNN chính thức được chuyển giao trực thuộc Đoàn khối I các cơ quan T.Ư (nay là Đoàn khối các cơ quan T.Ư); đồng thời nâng cấp Đoàn tương đương cấp quận, huyện.
5 năm gần đây, số lượng đoàn viên, thanh niên của Đoàn Thanh niên KTNN không ngừng tăng; công tác đoàn và phong trào thanh niên được xây dựng kế hoạch cụ thể, có chiều sâu, khẳng định vai trò xung kích trong mọi hoạt động của ngành.
Đoàn Thanh niên KTNN đã chủ động tổ chức các hoạt động chúc tết, giao lưu và tặng quà cho các chiến sỹ và bà con ở một số tỉnh biên giới phía Bắc trong chương trình “Nghĩa tình biên giới hải đảo” do Đoàn khối các cơ quan T.Ư tổ chức, tham gia các phong trào “Hiến máu nhân đạo”; Hành hương về nguồn, thăm các di tích lịch sử; tuyên truyền đến đoàn viên, thanh niên về “Bảo vệ dòng sông quê hương” và “Giữ gìn trật tự an toàn giao thông”. Đoàn hưởng ứng và thực hiện tích cực cuộc vận động “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”, cuộc vận động “Tuổi trẻ Việt Nam học tập và làm theo lời Bác” do T.Ư Đoàn phát động, Hội thi “Kể chuyện về tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”.
Đặc biệt từ năm 2009 đến nay, Đoàn Thanh niên KTNN đã tích cực hưởng ứng và thực hiện phong trào xung kích tình nguyện vì cuộc sống cộng đồng: thăm và tặng quà cho các gia đình chính sách, gia đình có công với cách mạng, gia đình có hoàn cảnh khó khăn nhân ngày thương binh liệt sỹ, tham gia ủng hộ đồng bào bị lũ lụt thiên tai; đóng góp xây dựng nhà tình nghĩa; tặng quà cho các cháu học sinh nghèo học giỏi và các cháu có hoàn cảnh khó khăn, thăm và tặng quà Mẹ Việt Nam Anh hùng; thăm và tặng quà các cháu thiếu nhi có hoàn cảnh khó khăn ở Viện nhi T.Ư. Năm 2013, Đoàn Thanh niên KTNN đã đóng góp được gần 500 triệu đồng để thực hiện các hoạt động.
Hưởng ứng năm tình nguyện 2014 do Đoàn Khối các cơ quan T.Ư phát động với chủ đề “Miền Trung - Hành trình tri ân”; nhằm chia sẻ những khó khăn với đồng bào miền Trung, Đoàn Thanh niên đã phối hợp với Hội Cựu chiến binh KTNN tổ chức hoạt động tình nguyện “Tết ấm lòng nơi vùng bão lũ Vũ Quang - Hà Tĩnh”. Hàng trăm suất quà với tổng trị giá 50 triệu đồng đã được trao đến tận tay người dân các xã Ân Phú, Đức Giang, Đức Bồng và thị trấn Vũ Quang, tỉnh Hà Tĩnh.
Trong 20 năm xây dựng và phát triển, Đoàn Thanh niên KTNN đã đạt được nhiều kết quả đáng khích lệ. Nhiều tập thể và cá nhân nhận được Bằng khen, Giấy khen của T.Ư Đoàn và Đoàn khối các cơ quan T.Ư.