Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt là toàn bộ khu vực phía Đông, Đông Nam đảo Hòn Tre, từ Đầm Bấy trở ra các đảo Hòn Mun, Hòn Nọc, Hòn Cau và Hòn Vung, bao gồm các khu phục hồi và bảo tồn rừng trên các đảo và các vùng nước xung quanh các đảo có giới hạn từ mép nước chân đảo ra phía biển 300m.
Tại đây, mọi hoạt động xây dựng khách sạn, nhà kiên cố cao tầng, tô, vẽ, xây đắp tượng đài, miếu mạo, nơi thờ cúng, chôn cất đều bị cấm.
Phân khu phục hồi sinh thái là các đảo và vùng nước xung quanh các đảo Hòn Mun, Hòn Tằm, Hòn Một, Hòn Miễu và các phần còn lại của đảo Hòn Tre.