Được biết, trong quá trình sửa chữa cầu Thăng Long, đơn vị thu phí có lập thêm một số trạm thu phụ do dòng phương tiện được phân luồng không qua trạm chính để tránh thất thu.
Tuy nhiên có nhiều ý kiến cho rằng việc lập các trạm thu phí phụ là thiếu hợp lý, dẫn đến tình trạng thu phí hai lần đối với các phương tiện. Hiện Công ty CP BOT Vietracimex 8 là đơn vị quản lý trạm thu phí từ 9/2009 đến nay.