Chương trình củng cố nâng cấp hệ thống đê sông cũng đang được Bộ NN&PTNT lấy ý kiến các bộ, ngành và các địa phương để hoàn thiện, dự kiến trình Thủ tướng Chính phủ trong năm 2009.
Mục tiêu của chương trình này là củng cố, nâng cấp các tuyến đê nhằm đảm bảo an toàn chống lũ thiết kế và phấn đấu chống được lũ cao hơn; đồng thời đầu tư trang thiết bị nhằm tăng cường quản lý đê tại 18 tỉnh có đê từ Hà Tĩnh trở ra.