Qua thanh tra đã phát hiện số tiền sai phạm trong xây dựng cơ bản, các chương trình mục tiêu, kinh phí sự nghiệp... là 858,698 triệu đồng. Nổi cộm nhất là nguồn viện phí, Sở không những buông lỏng quản lý mà còn sử dụng một cách tùy hứng, trái với quy định hiện hành.
Cụ thể trong 3 năm (2003-2005), Sở thu được hơn 1,168 tỷ đồng, chi 667,983 triệu đồng, số chưa sử dụng đến 31/12/32005 còn tại Sở là 880,067 triệu đồng.
Ngoài ra, 6 trung tâm Y tế huyện, thị xã và 2 đơn vị trực thuộc trích nộp lên Sở còn thiếu 182,887 triệu đồng, nhưng Sở không theo dõi trên tài khoản phải thu.
Không những thế, Sở còn dùng nguồn viện phí 150,015 triệu đồng này chi tiêu sai nguyên tắc như: Chi thưởng Văn phòng Sở 54,623 triệu đồng (thực tế không có danh sách), chi tham quan học tập 9,739 triệu đồng, chi cho Công đoàn ngành 49,97 triệu đồng…
Theo Thông tư 14 liên Bộ Y tế, Tài chính, LĐTB&XH quy định rõ tiền viện phí này là để thành lập quỹ hỗ trợ cho các bệnh viện không có điều kiện thu viện phí và khen thưởng cho các đơn vị, cá nhân có thành tích trong công tác khám chữa bệnh.
Tại Phòng quản lý sức khỏe cán bộ (đơn vị trực thuộc Sở), việc sử dụng tiền viện phí cũng... lung tung không kém. Phòng lấy 110, 441 triệu đồng tiền viện phí thu được trong 3 năm 2003, 2004, 2005 để chi bồi dưỡng CBCNV, hỗ trợ Công đoàn, hỗ trợ Tết.