Kết luận cho thấy, bên cạnh những kết quả đạt được, còn một số tồn tại, hạn chế.
Cụ thể, trong thực hiện pháp luật về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, cơ quan thanh tra cho rằng, một số đơn vị chưa chú trọng việc thanh tra trách nhiệm của thủ trưởng các cơ quan cấp dưới, còn sai sót về trình tự, thủ tục…
Một số sở, ngành bố trí cán bộ không đảm bảo chuyên môn nghiệp vụ làm công tác tiếp công dân. Chủ tịch UBND tỉnh, Chủ tịch UBND một số huyện, Thủ trưởng các đơn vị còn ủy quyền cho cấp phó tiếp công dân định kỳ là chưa thực hiện đủ theo quy định của Luật Tiếp công dân.
Chất lượng giải quyết khiếu nại lần đầu chưa cao, nhiều vụ khiếu nại lâu năm chưa xử lý dứt điểm.
Trụ sở UBND tỉnh Phú Yên.
Việc phê duyệt kế hoạch thanh tra hàng năm của một số ngành, địa phương còn chậm so với quy định tại khoản 4 Điều 36 Luật Thanh tra 2010.
Lựa chọn các nội dung đưa vào kế hoạch thanh tra chưa sát, phải điều chỉnh nhiều lần; chậm ban hành kết luận thanh tra; chưa thực hiện đúng quy định về thời gian; chất lượng một số cuộc thanh tra còn hạn chế, kiến nghị xử lý vi phạm chưa làm rõ trách nhiệm của từng cơ quan, đơn vị, cá nhân có sai phạm.
Đáng chú ý, có kết luận thanh tra chỉ ra sai phạm nhưng không kiến nghị xử lý hành chính, chỉ kiến nghị kiểm điểm, rút kinh nghiệm.
Về kế hoạch phòng, chống tham nhũng, TTCP cho hay, một vài đơn vị chưa xây dựng kế hoạch mà lồng ghép vào thanh tra hàng năm; thiếu kiểm tra, đôn đốc, đánh giá việc thực hiện nên chưa phát huy được hiệu quả công tác này.
Việc thực hiện công khai ngân sách nhà nước tại một số cơ quan chưa đáp ứng đầy đủ các yêu cầu theo quy định.
Thực hiện công khai, minh bạch trong công tác tổ chức, cán bộ cũng còn hạn chế; bổ nhiệm cán bộ thiếu tiêu chuẩn, điều kiện.
Theo TTCP, trách nhiệm để xảy ra các vi phạm tồn tại trong công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại tố cáo và phòng chống tham nhũng nêu trên thuộc Chủ tịch UBND tỉnh, Chánh Thanh tra tỉnh, Thủ trưởng các sở ngành, cơ quan, đơn vị; Chủ tịch UBND các huyện, thị xã, thành phố được thanh tra.
Tổng Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo kiểm điểm trách nhiệm để có hình thức xử lý đúng quy định đối với Chủ tịch UBND tỉnh, các Phó Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên phụ trách qua các thời kỳ và chỉ đạo làm rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân liên quan.
Đồng thời, kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên căn cứ vào kết quả thanh tra chỉ đạo Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị tập trung khắc phục sai phạm. Quá trình thực hiện nếu thấy dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì chuyển cơ quan chức năng xử lý.