Khi phối hợp nhiều loại thuốc, cần lưu ý tới sự tương tác có thể xảy ra giữa chúng với nhau hoặc với các thuốc điều trị khác (đối với người có nhiều bệnh lý cùng lúc)…
Các nhóm thuốc chính dùng trong điều trị bệnh này gồm các loại như thuốc bao bọc niêm mạc, thuốc kích thích liền vết loét, thuốc ức chế phó giao cảm, thuốc an thần, thuốc kháng acid, thuốc ức chế tiết dịch vị, thuốc kháng sinh…
Nhóm antacid chủ yếu đang dùng nhôm hydroxyd và muối hoặc hydroxyd của magiê (có trong gói alusi, viên gastrogel...). Nhóm này có thể hấp thụ một số thuốc khác ở đường tiêu hóa, có xu hướng làm tăng sự tháo sạch ở dạ dày và trong một chừng mực nhất định có thể gây kiềm hóa nước tiểu dẫn tới thay đổi hấp thu và bài tiết của nhiều thuốc khác. Điển hình như việc các antacid làm giảm hấp thu các tetracyclin, digoxin, sắt ở đường tiêu hóa làm tăng thải trừ salicylat ở thận.
Trong nhóm thuốc ức chế tiết dịch vị (kháng H2) thì cimetidin được dùng nhiều nhất. Nhưng cimetidin lại là một chất có tác dụng ức chế các enzym chuyển hóa thuốc ở microsom gan, có thể làm giảm dòng máu qua gan và làm tăng tác dụng ức chế tủy xương của các thuốc khác. Người ta đã biết cimetidin ức chế chuyển hóa và do đó làm tăng tác dụng và độc tính của các benzodiazepin (diazepam, prazepam, alprazolam...), lidocain, phenytoin, theophylin, thuốc chống đông máu, thuốc chống trầm cảm loại 3 vòng... Cimetidin còn làm giảm hấp thu ketoconazol ở ruột, giảm bài tiết procainamid ở thận và tăng tác dụng ức chế tủy xương của carmistin...
Với các thuốc kháng sinh được chỉ định trong điều trị như tetracyclin hoặc doxycyclin có thể làm giảm hấp thu, giảm tác dụng của các muối sắt, nhôm hydroxyd, phenobarbital, phenytoin... Amoxycyllin dùng cùng allopurinol tăng nguy cơ dị ứng ngoài da. Metronidazol hoặc tinidazol dùng cùng với thuốc chống đông như warfarin có thể gây chảy máu nặng, dùng cùng với rượu, bia gây ngộ độc.
Các thuốc an thần gây ngủ cũng thường được dùng, tuy vậy, diazepam dùng cùng với cimetidin làm tăng các dấu hiệu mơ màng và dễ gây nguy hiểm cho bệnh nhân đang phải lái xe, làm việc với máy móc. Gardenal (phenobarbital) lại là chất gây cảm ứng enzym chuyển hóa thuốc ở microsom gan, do đó, làm tăng chuyển hóa và giảm tác dụng của nhiều thuốc khác như: thuốc ức chế beta giao cảm, các corticoid, doxycyclin, quinidin... Seduxen và gardenal còn làm tăng tác dụng ức chế thần kinh nếu sử dụng cùng với các thuốc ức chế khác kể cả rượu bia.
Vì vậy, cần cân nhắc kỹ về loại thuốc phải dùng, cách dùng trong ngày là những việc cần thiết nhằm hạn chế tới mức thấp nhất tác hại do tương tác thuốc gây ra.