Trong rau muống có một loại kí sinh trùng sán lá ruột lớn có tên khoa học là Fasciolopsis buski, chúng có rất nhiều trong loại rau sống ở thủy sinh trong đó có rau muống.
Khi vào cơ thể người, trứng sán Fasciolopsis buski nở và phát triển, gây ra những cơn đau bụng nhẹ và triệu chứng tiêu chảy, dị ứng hoặc còn gây ra các bệnh mạn tính ở túi mật, vỡ gan, xơ gan, suy gan...
Người trồng rau muống thường sử dụng các loại thuốc kích thích, thuốc trừ sâu, thu hoạch rau không đúng hạn đem bán ra thị trường, trồng rau muống tại các, ao, hồ, sông… nguồn nước bị ô nhiễm nên rất bẩn và ô nhiễm có nguy cơ chứa rất nhiều những loại giun sán, ký sinh trùng.
Nếu ăn rau muống sống, các kí sinh trùng này sẽ vào cơ thể người, bám vào trong ruột chui qua thành ruột, chui vào trong máu, máu dẫn chúng đến tất cả các bộ phận trong cơ thể... Sau một thời gian, trứng sẽ nở thành giun sán nằm ở đó và gây hại cho cơ thể.
Theo Cục bảo vệ thực vật - Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn rau muống là loại rau dẫn đầu trong nhóm rau ăn lá có nguy cơ gây ngộ độc thực phẩm cao, chứa rất nhiều thuốc kích thích, thuốc trừ sâu.
Việc sử dụng các loại rau có chứa dư lượng thuốc bảo vệ thực vật vượt ngưỡng có thể khiến người tiêu dùng bị ngộ độc mãn tính, giãn thể miễn dịch, thậm chí ảnh hưởng đến hệ thần kinh.
Rau muống là một trong những thực phẩm nên kiêng khi có vết thương vì dễ gây viêm nhiễm, sưng đau ở vùng có vết thương. và gây ra sẹo lồi, do rau muống kích thích tăng sinh tế bào trong thời kỳ lành sẹo. Cũng theo đó nhiều người cho rằng, muốn trị sẹo lõm hiệu quả thì chỉ cần ăn rau muống là được.
Những sản phẩm như sữa bò, sữa chua, pho mát đều giàu hàm lượng canxi, còn rau muống lại chứa một số thành phần hóa học có thể làm ảnh hưởng đến việc hấp thụ can xi, do vậy khi ăn cùng lúc những loại thực phẩm này sẽ không mang lại giá trị dinh dưỡng cao nhất cho cơ thể
Theo kinh nghiệm dân gian, những người bị viêm đau, nhức khớp, bệnh gout (thống phong) và các viêm nhiễm đường tiết niệu thận do sỏi, huyết áp cao không nên ăn rau muống; hoặc khi đang điều trị bệnh nội khoa, ngoại khoa nào đó cũng không nên dùng.